但陳檢顯然感受到被拔案的無奈，他自認處理本案沒有違失，三月二十日下午五點三十四分，他在桃園地檢署的公訴檢察官群組裡留言：「是非有曲直，公道在人心，只是很剛好今天是非不直，公道也不在。」有證人曾向檢方描述陳當時的狀況：「陳如果繼續協商，無法理性處理，因為他認為法官很莫名，條件差很多，為何要一直開庭，他不想一直看到律師，浪費大家時間，而且他也在想檢察長為何不問他詳細內容，反而要一直透過主任來問？」
據悉，高檢署調查時，彭坤業對於下命令是否符合《法院組織法》及《法官法》有一番法律說明。他認為，本案是對協商程序的不妥做糾正，與強制處分、事實認定、法律適用無關，依規定不必附書面資料；況且陳嘉義第一時間就接受檢察長繼續協商的指示，也沒有當場表示反對，陳未提書面資料，他也無從以書面回覆。
彭認為，啟動認罪協商後，依桃檢規定必須達到條件合致，由公訴檢察官簽陳公訴主任會偵查股再轉襄閱及檢察長，大家一致同意再送交院方；「若協商條件不合致，法院才依一般程序處理」，檢察官擅自停止是不妥的。
雖然高檢署完全不採納彭的說法，但法界人士對陳檢的部分行為卻也存在著疑問。有人說，本案是法院審理中的個案，檢察官和辯護人都屬於「當事人」，雙方在審判外私下接觸的理由是什麼？接觸時又說了什麼？討論時是否有公正第三方見證？這些或許都存在討論的空間。
一反常態！蔡清祥轉趨低調
高檢署新聞稿一面倒認定彭接受關說，知情人士卻發現，調查報告裡其實存在不少彭提出的主張，反而是邱太三向彭坤業口頭「提醒」的調查事實僅占一小部分。但新聞稿裡泰半都只截取對彭不利的描述，而邱的部分足足占掉四大段篇幅，高檢署新聞稿的配置方式令人覺得匪夷所思。
法務部長蔡清祥一向最重視檢察官風紀，去年七月發生花蓮地檢署檢察官林俊佑帶警察闖幼兒園私審幼童案，他第一時間就出面痛斥林並承諾嚴懲。不過這次面對這起殺傷力更大的關說案，他的態度卻異常保留。司法界人士研判，或許是因為高檢署調查出現種種瑕疵，才讓他轉趨低調。
蔡清祥的切割態度或許可以從幾件事情上看出來。司法界人士說，首先，這次的關說案是由法務部下令高檢署調查，卻是由高檢署發布新聞，蔡清祥從頭到尾只強調「尊重高檢署調查」。此外，蔡接獲報告後，沒有向檢審會提出懲處建議，反而罕見地全權交給檢審會認定；待檢審會做出決議後，法務部也破例不發布新聞稿。從這些蛛絲馬跡都可以看出，蔡對此案的態度與以往大不相同。
