近日沖之鳥礁爭議不斷，我國、日本政府皆採強硬態度，兩國關係陷入緊張局勢。熟知台日發展局勢的日本東京外國語大學副教授小笠原欣幸，日前就沖之鳥礁事件發表論文《沖之鳥礁海域台灣漁船扣捕事件—動盪台日關係的強震》（沖ノ鳥島沖台湾漁船拿捕事件 ― 日台関係に激震），除稱此次事件將動搖台日向來的友好關係外，也對馬英九政權、台日關係進行分析。
檯面下的波濤洶湧
自日本於1972年與中國邦交正常化、和台灣斷交以來，現今的台日關係可說是至今以來的最佳狀態。去年以來，台灣馬英九政權和日本安倍政權其實暗濤洶湧，例如：台灣準總統蔡英文曾於選舉期間訪日，當時安倍首相的胞弟、自民黨議員岸信夫曾於家鄉山口縣招待蔡英文，而後還託人傳信，可見兩人交情匪淺。
而後蔡英文正式當選，安倍首相還於參院會議上公開祝賀，引發馬政權不滿。去年日相安倍發表戰後70年談話後，馬總統就不斷在公開場合談到慰安婦問題，要求日本政府正式道歉、賠償；且台灣原定去年7月正式解禁進口福島、茨城等核災地區的食品，但卻遲遲未有定論，加上去年11月舉行的馬習會，種種事例引起安倍首相反感。
大橋會長二度訪台未見馬
小笠原教授指出，今年台灣大選結束後隔天（1月17日），「日本交流協會」會長訪台，並前往民進黨本部與蔡英文會面，但卻沒有拜訪總統府，這是前所未聞的行動，而馬政權也對大橋會長繞過總統府、直接與在野黨黨主席會面表示反感。
大橋會長而後於3月16日再度訪台，與蔡英文主席會面，但這時馬總統剛好在訪問中南美洲，不在台灣。小笠原教授說，從馬政權的觀點來看，大橋會長特別選在此時訪台，就是看準了馬總統剛好不在台灣。大橋會長多次訪台，卻直到今年4月11日三次拜訪時，才正式與馬總統會面。
任期告終前的垂死掙扎？
隨馬政權政期將近，馬總統開始從事一連串擁護主權的行動，小笠原教授指出，這是因為馬總統長期在台灣被批評「無能」，他不甘示弱而做出一連串「自暴自棄」的行為，這種「政權末期症」情況在前總統陳水扁身上也可看到，不顧美國反對，多次選在敏感時機登陸位於南海的太平島就是一個例子。
菲律賓政府曾在南海主權國際仲裁案的聽證會中，多次表示「太平島並非島嶼，僅是岩礁」但馬政權卻避談根本問題的「11段線」（中方稱「9段線」，越南稱「牛舌線」，為台灣和中國政府主張其在南海各項權益邊界的依據），煽動媒體、學者出來爭論。此外，馬政權也曾率領保釣活動家前往釣魚臺列嶼（日稱尖閣諸島）附近的彭佳嶼，但《台日漁業協議》（日稱「日台漁業協定），卻未對爭議水域有相關規定。
