施所領導的紅衫軍匯集了超過100萬人的支持後，2006年9月9日起群眾在台北市凱達格蘭大道與台北車站廣場等地進行靜坐、遊行等街頭示威。9月15日，倒扁活動撤離凱達格蘭大道後，又發動「螢光圍城」遊行（又稱圍城之夜），隨後轉表台北車站繼續靜坐。當年雙十國慶倒扁總部則在當天發動「天下圍攻」，此活動並未經合法申請。台北警方表示：中午12時國慶慶典結束時，倒扁參與人數達到最大值，倒扁總部宣稱150萬人，警政署估計約只有12萬人，不過根據自立晚報報導，也有警察私下估計，應該有超過30萬。整個倒扁運動進行超個一個月，後來解散想要轉型為政黨，不過由於阿扁並未下台，又扯出有紅色介入等，讓整個運動告一段落。施明德因此役而更聲名大噪。（不過也因帳目牽扯不清而引發爭議）
在1994年施明德首次提出「金馬撤軍論」，記得編輯檯在處理他的發言時，由於記者發回台北的稿已經很晚，施又提了不少政見，所以初判放在版做頭，而在標題上並未特別去點出「金馬撤軍論」這個觀點，結果第二天聯合報做了一版並且特別標出施倡導金馬撤軍，在比報時余紀忠先生就很不客氣地指出編輯檯輕了施明德這番談話。
施明德指出，金馬將來發展一定要朝特區化方向走，中央政府不應管太多，而金門人自己要堅定，別是選舉到了政客對選票很敏感，敢堅定發出聲音，才能影響政府制定有利金馬發展、兩岸和平的政策。很明顯地施已經看到如果金馬不再是戰地而是特區時，兩岸沒有必要再度兵戎相見，那麼走向和平的可能性就多一個向度。日後的三小通（2001年）與大三通（2008年）同樣依著這樣的精神發展出來。在這一點上你不得不佩服施明德先生的遠見。
施明德於2015年5月21日宣布以獨立參選人身分投入公民連署，以「和解是臺灣唯一的路」為由，提出了「聯合政府」的主張，對各黨各派進行整合，並且採內閣制為中央政府體制，以公投的方式修改憲法。對照柯P選前所主張的內閣制（柯文哲主張廢除民選皇帝制。強調行政院長要立法院同意才任命，在沒有單獨一黨過半之下，容易變成聯合政府，其實終極目標是要實施內閣制）施明德早一步就看到這個政治改革的必要性，不過，施強調的是「和解」才是開往這條聯合政府的關鍵，小英一上台對內斷絕與在野和解之路，在兩岸同樣也斷絕了與對岸和解之路。如今賴清德更是務實的台獨工作者，還一再強調要接續小英之路。柯P不但在選前斷絕了藍白合之路，選後呢？是否又會開倒車與綠合，若是真的如此他選前所提出來的國會改革與政治改革都將成為夢幻泡影，而民眾黨也不過成了政治工具，2024所成就的柯文哲效應恐將變成了「為選舉而選舉」，為柯P成就自己的一次民意反應而已。
