憲法法庭第一審查庭的裁定書（112年審裁字第1099號），應處理的第二主題是，「科技部補助專題研究計畫作業要點」（簡稱「補助作業要點」）的制定是否違法，且因而違憲。這屬於憲法法庭的任務，專業用語上，稱為「規範審查」，審查法規是否違憲。換言之，涉及法規本身合法性的問題。
行政命令大多數由行政機關制定，可由不同準據，做出不同的分類。其中分類之一，依法規對內或對外關係為準據，分為「法規命令」與「行政規則」。法規命令的內容涉及對外關係，也就是涉及人民，且對人民有直接拘束力，就如立法院所制定的法律一樣，有相同的普遍拘束力，大家都要遵守。行政規則，則是上級機關對下級機關，或長官對部屬，所發布的命令，屬於行政機關的內規。這二種命令的區別，屬於法學緒論的識。
法規性質與位階的設定，各有其意義、目的與效力範圍。就法規命令而言：
1. 法規命令的意義：行政程序法第 150 條第 1 項：「本法所稱法規命令，係 指行政機關基於法律授權，對多數不特定人民就一般事項所作抽象之對外發生法律效果之規定。」
2. 法規命令的前提要件與職權範圍：行政程序法第 150 條第 2 項：「法規命 令之內容應明列其法律授權之依據，並不得逾越法律授權之範圍與立法精神。」
3. 法規命令的名稱：中央法規標準法第 3 條：「各機關發布之命令，得依其性質，稱規程、規則、細則、辦法、綱要、標準或準則。」
為鼓勵並提高學術研究水準，國家科學及技術委員會（以下沿用舊名稱，簡稱為「科技部」）設立補助研究計畫的制度；主要的規則之一為「補助作業要點」。補助的對象為大專院校及學術研究機構內的教學研究人員。
由「補助作業要點」的內容觀察：
1. 涉及對外關係（行政機關為科技部，申請人為大學與研究機構人員）、
2. 涉及人民的權利事項（例如申請權），規定申請人的資格、
3. 直接對外發生法規範效力：申請人必須遵守科技部的相關規定。
依上述觀察，補助作業的規定，必須也只能以「法規命令」形式制定。
綜合觀察，科技部的「補助作業要點」，其名稱違反上述中央法規標準法第 3 條的法定名稱。沒有明列其法律授權之依據，違反上述行政程序法第 150 條第 2 項。其制定過程，也違反「中央行政機關法制作業應注意事項」關於法規命令的相關規定。
從另一方面觀察，十九世紀的形式法治國家要求依法行政、依法審判，發展到今天的實質法治國家，要求「依法立法」，意指法規本身的合法性。法規合法性議題屬於今天法治國家與憲政的核心問題，包括實質合法性與形式合法性。
為避免恣意立法與減少錯誤制定法規，因而現代法治國家要求遵守一定的程序，而且重要的、涉及人民權利義務的法規，須對外公布。科技部的「補助作業要點」必須制定程序合法，符合形式合法性，才能成為有效的法規命令，且有對外拘束力。換言之，法規形式不合法，無效。
台北高等行政法院判決（108年度訴字第203號判決），曲解科技部「補助作業要點」性質為法規命令。對此，最高行政法院判決（111年度上字第41號判決）認為「上訴意旨執此指摘，雖非無據」。既然最高行政法院贊同上訴狀的見解，卻不宣告科技部「補助作業要點」的制定，違反形式合法性而無效。憲法第172條明定：「命令與憲法或法律牴觸者，無效。」然而，最高行政法院沒有完整盡到依法審判的責任，宣告「補助作業要點」無效，也未履行「司法制衡行政」的憲政義務。
憲法法庭第一審查庭的裁定書（112年審裁字第1099號），內載：「至其餘所陳，僅係爭執法院認事用法之當否，尚難謂已具體敘明確定終局判決與其所適用之系爭要點二究有如何牴觸憲法之處，依上揭規定，應不受理。」
就法學方法論而言，爭議事項，既無憲法法庭所稱「認事」（確定事實），也無「用法」（依據事實，適用正確法條以及包攝）情形；而是科技部法規「補助作業要點」的法規性質及其本身是否具合法性問題。
「補助作業要點」違法、違憲，以及「法規命令」與「行政規則」明顯不同。
依上述簡單且清晰的說明，就如法國笛卡爾（René Descartes，西元 1596-1650 年）在在《主要哲學之沈思》（1641 年）書中所言，「認識之明確與區別」。
另外，憲法法庭裁定書內所載：「究有如何牴觸憲法之處」。對此，大法官顯然欠缺一般邏輯知識：不能由疑問句、質問句進行法律推論。應符合邏輯規則進行法律推論，得到的結論要不是「違憲」，就是「合憲」。憲法法庭留下一團沒有明確答案的迷霧，然後導出最終結論：不受理。
憲法法庭違反論理法則，留下一團沒有明確答案的迷霧。
＊作者為法律系退休教授、律師
