由於近年政府財政赤字居高不下，行政部門年度經常門預算，動輒被主計部門要求「統刪」，各部會為了施政「彈性」，最近紛紛透過修法，增設行政法人與營業、非營業基金，幾乎已經到了部會「各擁小金庫」的地步，其中，最離譜的莫過於經濟部在《電業法》修正後，準備成立「電價穩定基金」，讓能源局除了石油基金、再生能源發展基金、能源研究發展基金、核廢料基金外，還將坐擁上百億小金庫，將來核廢料基金還將轉型行政法人，簡直到了無限增生的地步。
台灣政府機構營業與非營業基金氾濫，已經不是新聞，三次政黨輪替後，行政部門都曾經熬有介事地檢討營業與非營業基金的整併與存廢，2003年扁政府執政，當時為了配合預算改進作業，訂定《非營業特種基金設置、簡併、裁撤及預算編製共同性原則》，將石油基金、推廣貿易基金等並為經濟部特別收入基金；馬政府時代，行政院也通過《中央政府非營業特種基金設立及存續原則》，對於非營業基金疊床架屋的部分，希望能夠進行整併。
行政法人、非營業基金「彈性」 政治「魔戒」難抗拒
然而，不管藍綠誰執政，透過行政法人、非營業基金等方式推動政務的「彈性」作法，永遠都是政治人物難以抗拒的魔戒。
根據審計部統計，104年度中央政府非營業特種基金計有105個，其中包括作業基金80個、特別收入基金23個、債務基金1個、資本計畫基金1個。104年底，非營業基金持有現金7,096億元，固定資產1兆7,070 億元，負債2兆6,534億元；基金及基金餘額1兆8,858億元。
非營業特種基金105個 2015總收支規模5兆9087億餘元
根據審計部統計，從2011年至2015年，編製附屬單位預算的非營業特種基金均為105個，預算單位由96個增至109個，總收支規模由2011年度的4兆163億餘元，增加至2015年度的5兆9087億餘元，非營業特種基金數量與規模均不減反增。
監察院在2016年下半年，曾經針對行政部門非營業基金氾濫問題，再度表達關切，當時的新聞稿特別指出，2015年「中央政府非營業特種基金設立及存續原則」通過後，主計總處於同年8月列出17個基金應研議整併或裁撤；但審計部發現，多數被主計總處點名的基金，僅由主管機關研議整併或裁撤，並未研訂具體作業期程。
監察院表示，部分非營業特種基金閒置資金龐大，光是故宮文物藝術發展基金及原住民族就業基金等二個基金，截至前一年度累積賸餘就達3.6億與14.4億元，每年解繳國庫金額甚低。
