攸關股利所得分離課稅的《所得稅法》修正案，今天正式在行政院院會拍板，儘管本次稅改被批評「圖利大股東」，但有一項改革，財政部從稅改推動迄今，始終沒有主動宣傳，即刪除所得稅法42條「教育文化公益慈善團體股利淨額，不計入所得額課稅」規定，國人第一時間，都想到了長庚、亞東、新光、國泰等醫療財團法人，然而，這項規定的取消，傷到的不僅是上述機構，事實上，所有將股票捐贈給財團法人的企業，包括長榮集團的張榮發基金會、大陸工程的浩然基金會與潤泰集團的唐獎基金會，都將受到影響。
財團法人股利所得免稅問題，最近遭到時代力量立委黃國昌窮追猛打，即使財政部稅改方案，已經將所得稅法第42條第二項規定「教育文化公益慈善團體股利淨額，不計入所得額課稅」規定予以刪除，不過，黃國昌並未以此為滿足，他強調，財政部還必須推動修正「教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準」，避免企業捐助財團法人，不斷拿盈餘來買地、買房子、捐助給附屬的公益組織，規避所得稅。
股利收入納入課稅 長庚醫院恐每年增11億稅捐
黃國昌猛打醫療財團法人股利免稅規定，甚至還對外表示，個人若因此遭到罷免，也「直道而行，無怨無悔」，顯示現階段猛打醫療財團法人，的確頗有「市場」。
根據證交所資料，長庚醫療財團法人因為持有台塑四寶與福懋興業股票，去年度獲配現金股利金額高達162億元，已到富可敵國地步，和長庚去年「醫務利益」3億2154萬，簡直不成正比。
根據財政部頒布「教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準」，只要公益團體用於與其創設目的有關活動之支出，不低於基金之每年孳息及其他各項收入60%，就免納所得稅。不過，過去近20年，股利所得因為實施「兩稅合一」制度，公益團體的現金股利收入，不計入所得額課稅，如今，免稅規定取消，股利收入和其他各項收入納入計算後，該年度用在「與創設目的有關活動支出」若低於6成，結餘部分就必須繳納17%營所稅，以長庚醫院為例，等於每年增加11億元稅捐負擔。
醫療財團法人股利收入破億！新光醫院1.57億 亞東醫院3.18億
長庚醫院因為台塑集團經營成功，如今政府推動稅改，樹大招風自然引起外界注意，但公益團體股利所得免稅規定取消，傷到的不僅只是長庚醫院，凡是利用財團法人持有企業股票的企業集團，都將在修法受到衝擊。
以新光醫療財團法人為例，因為持有新光金、新紡、新光保全與大台北瓦斯股票，去年度股利收入1.57億元；遠東集團的醫療財團法人徐元智醫藥基金會（亞東醫院），持有遠東新與亞泥股利收入更高達3.18億元。醫療法人國泰醫院持有國泰金股票收入，每年約5000萬元。
