回到投票日當天的情況，在公投流程案安排上，因為綁著大選，讓一人最多可投十五票，造成選務混亂、民眾排隊加投票平均花費一個半小時，不少老人、身障者知難而退，上演一場「走鐘」的「公投之亂」。
台灣公投史上首次有案件成立
十一月二十四日，九合一選舉與公投案「合一室」舉行投票，全國多處投開票所一如預期出現「大擺長龍」的景象。上午就出門的投票者，等投票的時間平均將近一個小時，下午則達一個半小時，有人排錯投票所被迫重排，創下等候投票三小時的紀錄。排隊等候者在大太陽底下曝曬，引發不少民怨。
由於投票圈選處太少，加上立法院下修公投投票年齡，這次增加的近六十萬「首投族」造成投票時間一再拉長，台北市信義、文山地區的投開票所，一直拖到晚間七時半才投完票。同時也出現投票還未結束，卻已開始開票的窘境，不但嚴重干擾選務，也加深民眾疑慮。國民黨台北市長候選人丁守中因以三千多票差距敗選，已提重新驗票及當選無效之訴。
中選會主委陳英鈐也成了眾矢之的，認為他不僅造成選情混亂，甚至排隊過久的選民也將不滿情緒發洩在民進黨政府，進而影響到民進黨選情。丁守中提訟後，也有立委指責陳英鈐失職，要他下台。陳英鈐在二十五日凌晨三時五十分才宣布選舉結果，並向全國人民致歉，後向閣揆賴清德請辭獲准。
其實陳英鈐早在選前就預見可能亂象，也曾以宜蘭投開票所模擬過公投，但就如墨菲定律（Murphy's Law）一般，愈不想影響選舉，終究仍造成選舉的失序。還好，選民的素養高，經過一番熬鍊，在民主大旗之下，創下台灣公投史上一次通過七件公投案的紀錄。在此之前，台灣共出現六件公投案，無一成案。
公投法對政府沒有拘束力？
根據陳英鈐二十五日凌晨宣布過關的七件公投案，分別是國民黨提出的三案、幸福盟提出的愛家三公投、以核養綠公投及婚姻平權等。而通過這七件公投案讓政府支出十五億元，平均每一位公投投票人得分擔七十五元。
不過，當初執政黨與國會花了偌大的心力修改《公民投票法》（以下簡稱《公投法》），嚴重衝擊選務與造成選舉人負擔，偏偏政府似乎不太在意通過後的法律拘束力，仍宣布二五年的非核家園目標不變。
《公投法》立法、修法迄今十四年，因沒有一件成案遭綠營譏諷為鳥籠公投。這次修法下修三門檻，綁九合一選舉進行，結果造成選民、朝野詬病的「公投之亂」，中選會選後勢必將展開一番修法動作。
