政府近年來對提升高等教育投以重金，2006年起分別推出邁向頂尖大學（頂大）計畫，獎勵教學卓越（教卓）計畫，發展典範科技大學（典範）計畫等，總經費近二千億，這些高教個案計畫在2017年先後結束，從2018年起推出了「高等教育深耕計畫」（以下簡稱深耕計畫），五年為一期，在2023年起進入了第二期，預定在2027年結束。深耕計畫是涵蓋了普通高教和技職高教體系的整合型大規模經費補助計畫，兩期下來投入經費也接近二千億。
當年，頂大計畫是為了提高研究型大學的學術研發水準，教卓計畫是為了提升一般及技職大學的教學品質，典範計畫對象則鎖定技職高教，強化技專校院產學合作，所投入的鉅資，是否達成了各計畫原先設定的目標？改善了多少高教問題？改變或提升了高教哪些品質？官方雖有業務承辦單位就執行面的檢討，但並未見到給納稅人一個系統性的「證據本位」（evidence base）政策成效評析，也未見到這些額外補助經費是否有助於建立大學校務發展常態化的成效分析。在這些高教個案大型計畫尾聲之際，教育部聽取各界對高等教育改革之建議後，聲稱「將制定更符合臺灣需要的高教政策」[1]，言下之意，以前個案計畫似乎不太合身，高教改革有藉著幾乎無所不包的深耕計畫另起爐灶的意味，更令人擔憂的是，連續接力的專案計畫，不知何處是盡頭？何時才能將這些計畫的能量導入大學校務發展，讓學校接手去做學校常態該做的事。
前述的個案計畫完全採取競爭性機制，因審查評比而設定了過於細目的指標，造成大學同質化發展，妨害了大學自主，又因競爭的結果致資源分配集中於特定學校或領域，造成大學M型化現象，產生資源分配的扭曲，產生大學極力符合計畫評量指標卻輕忽自己辦學目標、拚命爭取計畫資源卻疏於經營自身辦學資源之偏差現象，所以有識者抨擊教育部透過個案競爭性計畫，實則給大學自主發展設下更多障礙。現在深耕計畫中競爭性經費比重雖然降低，它是整合各類競爭型計畫，讓學校進行長期發展規劃，每一年度補助額度仍需依學校計畫執行之成效評核，作為次一年度調整補助經費額度之依據，所以它仍是採取競爭性機制。
大學校務問題多圍繞著「目標」及「資源」兩個面向，學校必須真實面對自己的優勢、劣勢，進而務實設定辦學目標，也就是想定要培育出什麼樣的學生？再落實適切之資源經營、配置、運用，投入符合辦學目標的人才培育行動。現在深耕計畫還是讓大學在教育部設定的計畫框架下爭取經費，其內涵仍然是由政府設定任務：大學應該做什麼？由政府設計方案：大學應該怎麼做？教育部透過設定績效指標、衡量標準，甚至提出參考做法，促使學校朝計畫目標前進，學校凡事照著做，久而久之難脫「計畫引導辦學」現象，雖然計畫裡還是有讓學校自訂其他可供驗證指標之空間，但學校若仍以爭取到最大補助經費額度為最高指導原則，則會讓計畫的引導力度更大，大學距離能自主辦學的理想和能力就越遠。 （相關報導： 風評：卡完管中閔卡盧業中，民進黨有完沒完？ ｜ 更多文章 ）
深耕計畫的資源分配也顯然失衡，基本上仍然承襲著頂尖大學計畫的格局，教育部核定的全球鏈結學校，取得躍上國際舞臺的巨大資源，其餘大學則循著類似當年個案計畫的模式爭取經費，不免仍會計較於獲得補助經費的消長；另教育部聲稱為解決產業和國際競爭力等問題所核定的研究中心，人文教育領域卻是鳳毛麟角，領域顯有失衡。總之，深耕計畫的資源編配，其思路與原先的競爭性個案計畫並無顯著不同。深耕之前的高教個案計畫，就是教育部把目標和資源兩個關鍵要素都牢牢掌握在手裡，大學無力突破，所以大學自主不了，深耕計畫若仍舊承襲前述個案計畫的執行方式，大學自身仍無法掌握目標設定和資源運作，大學自主必然成為奢談。
