深澳燃煤電廠更新擴建環差案自3月通過環評以來，民間反彈聲浪不斷，開發案的健康風險評估是台電的環差報告中所缺乏的，也是外界高度重視一環。如今面臨大選前夕，反深澳的環團除卻再度要求縣市首長、民代候選人對深澳議題表態，更拿出民間學者自行評估的報告為證，直指深澳電廠倘若營運，將導致576人死亡、全台PM2.5年均量上升。
回顧3月14日環評大會當日，環評委員爭論近4小時仍無共識，最後決定進行不記名投票，原先「審核修正通過」和「就變更內容重辦環評」票數呈8:8平手，孰料環保署副署長詹順貴投下關鍵的一票，最後以9:8全案審核修正通過。這樣的結果引起輿論軒然大波，繼深澳生態、健康危害後，環評制度的缺失也引發外界熱議。
深澳燃煤電廠的舊機組自1960年開始營運，因機組老舊、發電效率過低於2007年除役，2006年台電遂提出擴建機組的環說書，同年順利通過，環評內容可概略分為「舊廠拆除」及「新廠建廠」兩大工程，開發位置包含番仔澳灣與深澳灣。其中舊廠早已拆除完畢，原先規劃興建的2座80萬瓩燃煤超臨界機組，雖曾在2010年短暫動工，卻因當地居民強烈反對而作罷。
爭議一：環差報告程序瑕疵
現在台電挾此案捲土重來，將所有海域設施搬到深澳灣，其餘開發內容也有所變更，故向環保署提出「環境影響差異分析報告」（簡稱環差報告）。但蠻野心足生態協會專職律師蔡雅瀅指出，台電把卸煤碼頭等海域設施移到深澳灣，又要新增海水淡化廠、備用灰倉，和95年通過環評的版本相比變動幅度大，理應視為新案辦理環評。
另外蔡雅瀅認為，據《環境影響評估法》第16之1條，開發單位通過環評、取得開發許可後，3年內沒有沒有動工，台電需辦理環現差，也就是依當前時空的環境背景重新檢視過去的開發計畫。但台電卻主張曾在2010年小幅動工，來規避環現差。
再者，開發區範圍高度重疊瑞芳保育區，而瑞芳保育區屬於海岸管理法規定的一級保護區，蔡雅瀅援引《環評法施行細則》第38條規定，「對影響範圍之自然保護環境有加重影響之虞」、「對環境品質維護有不利影響者」，重申台電應該重辦環評。不過環保署回應，台電的環差報告和2006年的環說書相比，已然大幅降低開發面積和污染量，因此不適用前述第38條。
爭議二：未知的健康衝擊
為讓深澳電廠擴建案起死回生，台電在去年依法提出環差報告審查。台電此案最大爭議之一，在於缺乏開發案的健康風險評估，也就是說，蓋設深澳電廠究竟會使哪些地區、多少人民的健康，受到什麼程度的危害，實屬為止，數月來這一直是正反雙方攻防的主軸。
直到上周，綠色和平與學界聯手，深澳燃煤電廠擴建案終於有了首份健康風險評估報告。據台電環差報告所示，變更後的深澳電廠開始運轉後，每年將產生1438公噸硫氧化物、1034公噸氮氧化物、以及268噸的粒狀污染物，污染濃度也比新設燃煤電廠的排放標準更低。
中興大學環境工程系教授莊秉潔利用台電的數據作為基礎，模擬各縣市的PM2.5增量。發現深澳電廠營運後，北部從宜蘭到新竹，除了台北市年平均增量0.16 ug/m3以外，其他縣市都增加0.2 ug/m3以上。越往南影響越小，以台東縣的0.004 ug/m3最輕微。
台大流行病學與預防醫學研究所副教授林先和，用缺血性心臟病、中風、肺癌與慢性阻塞性肺病當作指標，推估結果顯示，深澳電廠從2025年營運到2040年為止，15年間將導致全台576人因PM2.5罹患上述4種疾病而死亡，且其中145人無法活過70歲。
本島19縣市裡，新北市累積198人，因深澳電廠建成後、長期暴露在PM2.5之下而死亡，高居第一；其次是台北市90人，第三名的桃園市則佔79人，光這3個縣市的累積死亡人數總和便超過死亡總數的一半。
爭議三：海洋生態保育
10年前，台電曾言番仔澳灣沒有生態，如今當地資深潛水教練王銘祥，卻在深澳漁港附近、象鼻岩海域中發現10個籃球場大的珊瑚群。暱稱活塞教練的王銘祥，多次在抗議場合憤憤不平地強調，那些珊瑚都是天然的，直批「還沒有完全摸透就有這麼多珊瑚群，台電委託的生態調查究竟在做什麼？」
深澳燃煤電廠的海域設施，包含在瑞芳水產動植物繁殖保育區內，興建長度超過500公尺的防波堤，而整個深澳灣和部分瑞芳保育區，都涵蓋在深澳電廠港區範圍內。5月9日環評大會通過經濟部的報告，使深澳電廠環評正式生效，同時要求台電在興建防坡堤前，須針對海洋生態做「環境影響評估報告」。
不過，對於這樣亡羊補牢似的決議，隔日新北市農業局直接發布新聞稿，表明「不能認同通過環差再來補做調查報告的做法」，指台電在審查過程屢屢避重就輕，從未詳盡調查設置防坡堤會對漁業資源、深澳灣的生態、港灣內的漂砂和淤積產生什麼影響。
爭議四：深澳燃煤電廠的必要性
能源局副局長李君禮，在5月9日的環評大會上，說明政府預估台灣在2026年的尖峰負載約為4093萬瓩，倘若深澳電廠未能如期完工，2025、2026年的備用容量率將分別降為14.9%、13%；加之台灣有高達98%的能源仰賴進口，為了兼顧能源多元、分散供應風險和穩定供電，深澳電廠確實有興建的必要。
當時數名環評委員都對能源局的說法不買單，質疑從能源局的資料來看，仍舊看不出興建深澳電廠在能源政策上的必要性，但最終經閉門會議討論後，大會還是予以通過。
對此，綠色和平能源主任張凱婷形容，在能源轉型的關鍵時刻，政府若執意興建一座高污染、非必要的燃煤電廠，就是在能源轉型的路上開倒車。
