藍白合瀕臨破局，民眾黨總統參選人柯文哲日前喊出會用民眾黨總統候選人身分拚戰到底，引發討論。對此，被列入民眾黨不分區立委第二名的黃國昌在《風傳媒》網路節目《下班瀚你聊》透露，他看到藍白6點協商時感到驚訝，但仍依約加入民眾黨；而柯文哲的宣告，說出了支持者的心聲，目標是達成政黨輪替。
柯文哲19日在民眾黨誓師大會中向支持者喊話表示，他不會違背民意，會繼續用「台灣民眾黨總統候選人」身分拚戰到底，引發獨自參選到底的解讀。黃國昌認為，柯文哲承受非常大的壓力，說出了民眾黨多數支持者的共同心聲，相信柯做出這樣的宣示，目標是在明年達成政黨輪替，籌組用人唯才、跨越黨派的聯合政府。
黃國昌透露，答應加入民眾黨前，還不知道柯文哲會與國民黨合作，因此看到15日的藍白政黨協商時，確實感到驚訝，但經過天人交戰後，仍按照約定在16日宣布入黨。他解釋，能理解柯文哲簽下6點協議的原因，只要籌組聯合政府、立法院藍綠兩黨不過半的目標沒有改變，就會一直支持柯文哲。
至於有輿論指他與柯文哲競選總幹事黃珊珊「破壞藍白合」，黃國昌說，他在參與民調專家會議時，僅根據在中研院與許多經濟學者合作用統計研究司法成效的經驗，提醒一些統計方面要注意的原則，自己並沒有明確表示對藍白合的看法。
誤差範圍不重要 黃國昌：柯文哲當正的才可能完成目標
黃國昌補充，誤差範圍「正負3」或是「正負6」一點都不重要，因為看了足夠多的民調、觀察年輕選民的投票習慣與意向後，會發現促成政黨輪替最有效率的方法就是柯文哲當正的。
黃國昌強調，除促成政黨輪替，籌組用人唯才、跨越黨派政府的目標，必須在明年達成國會不過半。而根據民調數字與選民氣氛判斷後認為，由柯文哲領銜當總統候選人，最可能完成目標，「侯市長不要介意，這與個人好惡無關。」
