當前國內的政黨競爭呈現的是「為反對而反對」，因此，每一陣營政黨周圍都圍繞著大量的利益集團，通過遊說或更為隱秘的手段，從執政黨手中獲得政策傾斜，以此獲利。自1991年5月1日第一次修憲國民代表大會全面改選，到2005年6月10日第七次修憲，廢除國民代表大會並基於主權在民與分權制憲基本原則，擴大立法院的權力與地位，無疑讓立法院成為政府部會的「太上機關」。就此，拉開各個政黨爭奪立法院席次序幕，若執政黨在立法院中的席位能擁有過半的優勢，就能有效發揮政黨力量來行使政黨的權力。
然而，立法院內因國民黨與民進黨兩大黨關係過於割裂，使得立法院成為朝野政黨的主要角力場域，也造成許多政策的推行受到限制與阻礙。但是在具體的政治運作過程中，立法院是利益表達的機關，利益集團就其相關利益政策在此宣示、競爭或妥協，因此，為求利益集團的一切相關利益政策順利，無所不用其極的進行遊說，這就產生了利益上的交換。礙於法令的限制，許多具貪腐性質的遊說賄賂手段，通常選擇在極其隱秘方式下進行。基於歷史制度論的視角，國內政治從專制體制朝著民主體制的轉向過程中，藍綠兩黨不良的競爭關係對於貪腐的遏制產生了非預期性的效果，反而使政黨的貪腐現象持續惡化。也因為「改良式雙首長制」的權力傾斜造成遏制政黨貪腐的失靈、憲政規範的不當更加大了「絕對權力、絕對腐敗」的力度。
台灣目前憲政體制是「改良式雙首長制」，所謂「雙首長制（或稱半總統制）」泛指國家的行政權力由總統與閣揆（行政院院長）共同分享，其主要特徵是總統直接由人民選出，且總統擁有任命閣揆與解散國會（立法院）之權力，閣揆須具備國會與總統的雙重信任；而台灣實行的「改良式雙首長制」，主要的法源依據是以1997年7月21日由李登輝主導國民黨與民進黨合作修憲的第四次憲法增修條文，引入內閣制的機制特徵，即立法院擁有對行政院院長之不信任投票權及總統被動解散立法院之權力（總統無權主動解散國會），也引入總統制的機制特徵，即行政院院長由總統任命，不須經立法院同意。而所謂的「改良式雙首長制」，端視總統與立法院多數席次是否屬於同一政黨，又可分為「偏向總統制的雙首長制」和「偏向內閣制的雙首長制」；基於政府體制的變化而產生不同的行政運作，其中政黨輪替更直接的影響到「雙首長制」政府體制結構的穩定性。
從「改良式雙首長制」權責的結構運作來看，不同時期不同類型的政府組成，繼而有不同的行政立法關係與影響。以首次政黨輪替後為例，府院權力關係表現為「偏向總統制的雙首長制」（總統有權無責、行政院院長有責無權），民進黨在立法院的席位屬於少數黨，陳水扁總統堅持以「全民總統」為訴求組成「少數政府」與立法院多屬黨對抗。 （相關報導： 林靖宇觀點：選舉改變不了官僚政治，台灣經濟將面臨逆境中的困境 ｜ 更多文章 ）
到了2004年至2008年二次政黨輪替前，此時陳水扁非民進黨黨主席，民進黨在立法院獲得最大黨席位，但受到國民黨在聯盟策略下以51%過半所牽制，維持少數政府對抗多數在野聯盟，行政立法分別由不同政黨掌握呈現「分治政府」狀態，而陳總統掌握實際政權，加上行政院院長在有責無權下等同矮化為總統幕僚，呈現出超級總統制（政策主導權及多數政權），因此才會發生日後企業賄賂陳總統的洗錢貪腐弊案。
