另外過去在3-1期討論相當多的未落實懲罰性違約金，3-2期則是維持3-1期的內容，包含超過指定查核項目日期，於3個月內完成改善就不罰。但超過指定查核項目日期第4至6個月內完成改善，計罰 0.3億元，相當於履約保證金乘以百分之三。超過指定查核項目日期第7至9個月內完成改善，加計罰0.3億元，若持續未完成，則每3個月計罰一次，累加計罰至應併網日期。在不足懲罰數量的懲罰違約金，依據最終生產數量，針對不足之部分（未落實數量），須繳納懲罰性違約金，意即成本比重乘以（未落實數量/承諾落實數量）乘以百分之三履約保證金。
至於3-1期有2開發商獲配開發權但最後未完成簽署行政契約，陳崇憲會後受訪指出，相關內容不會直接列在選商規則當中，不過在後續審查時，就會列為風場開發實績，會酌量進行扣分，被問及是否會有自由心證處理，強調「應該不至於」。
在後續日程方面，陳崇憲說，由於各家開發商所需時間有所不同，但各開發商又提出需要備標期，因此目前在草案公布2周會徵詢各界意見，之後會再進行說明，後續以5個月備標期來推算，時間點會落在明年3月，若備標期需要6個月，選商繳件時間則會落在明年4月，最終選商結果希望可以在明年第二季公布。
選商規則草案公布後 環團抗議應納入環境風險
在今日說明會當中，漁民權益暨環境永續中心認為選商草案仍有不足，當風場獲配開發後，就決定20年以上的海域使用，卻沒有考慮其他海域使用者的聲音；經濟部把環境、社會影響推給環評審查，但現有環評制度明顯失效，無法做到利害關係人議合。
漁環中心指出，現在的風場普遍離岸20公里以上，環說書卻還在寫刺網、白海豚，但實際受影響的是跨縣市的拖網，以及更不易辨識的露脊鼠海豚，遑論漁業影響評估只有一、兩頁文字說明、缺乏量化數據支持。業者如果只做法定最低要求的溝通，將無法有效減輕環境、社會風險。然而草案僅將「環境及社會友善事項」納入「風場運維與共榮規劃10%」的其中一部份，並且依然是以「產業關聯」分數來決定最終取得開發權的業者。
漁環中心重申，反對最低價競標的機制，也反對排序未納入評選總分，只納入產業關聯項目。離岸風電選商缺乏國家重大開發項目應有的公平合理評選機制；如果評選總分較高，序位卻在後面，質疑公平性不足。
