巴西進口蛋爭議不斷延燒，農業部長陳吉仲於19日晚間宣布請辭，外界也質疑此舉是否在為民進黨總統參選人賴清德的選情止血，抑或是其中有派系鬥爭內幕？前立委郭正亮上《風傳媒》網路節目《下班瀚你聊》表示，陳吉仲是否請辭在一天之內就變卦，這很不常見，認為一定是有人把外界所傳的政治利害說給他聽，才讓他最後做了這個決定。
郭正亮指出，陳吉仲19日下午在開記者會時，完全沒有提到辭職一事，但幾個小時後卻在臉書發文宣布辭職，這其中一定是有些政治利害傳到他耳裡，因為原本他周四要到行政院院會提出進口雞蛋專案報告，接下來要到民進黨立院黨團總召柯建銘辦公室報告，周五還要參與黨團會議和立法院院會；陳吉仲想到這些，實在是支撐不住了，最後還是決定請辭好了。
郭正亮說，陳吉仲辭職讓民進黨獨派網軍大崩潰，他們認為陳吉仲是被迫辭職的，一堆人跳出來挺陳吉仲；而民進黨前立委謝欣霓、媒體人周玉蔻在臉書發文批評陳吉仲，反被獨派網軍留言砲轟，還有獨派意見領袖一一點名，說北農前總經理吳音寧、前行政院長蘇貞昌、到現在的陳吉仲，一個個都敗在「中共同路人」的認知作戰下，甚至還有人氣到表示，新潮流連好官都留不住，這次乾脆不投票了。
郭正亮指出，陳吉仲和獨派認為，「臭蛋」問題是極少數個案，但現在卻被渲染成全民的食安問題，因此他們覺得這就是「認知作戰」，覺得陳吉仲下台就是新潮流派系要求的。
蘇貞昌日前聽到陳吉仲辭職消息，馬上出來力挺，稱是有人在放話，相當惡劣；郭正亮認為，當天會傳出這個消息，應該是府內有不同意見，覺得陳吉仲會讓賴清德的選情受傷，所以才直接幫賴出手，所以媒體可能是問到新潮流派系的人，才得到這樣的消息；沒想到事後蘇貞昌會有這麼大的動作，才讓希望陳吉仲走的這些人，不敢再講話。
對於進口蛋爭議，賴清德面對媒體皆沒有做出任何回應，郭正亮認為其實賴清德很為難，因為不能得罪總統蔡英文，內心卻是有苦說不出。
