農業部長陳吉仲因雞蛋進口風波，19日請辭獲准，21日生效，並由農業部政務次長陳駿季代理部長一職。據悉，農業部有許多壓力，學者出身的陳吉仲願強力為政策辯駁，甚至一度將砲火都承擔到自身，這也象徵了他的為難之處，還有這個「農業部長」的位置，真的不好當。
今年初台灣發生缺蛋風波，農業部為了平抑蛋價並增加數量，（當時為農委會）開啟專案進口雞蛋，然而到了8月底，卻爆出一人公司拿農業部上億補助，農業部遭外界質疑雞蛋進口政策圖利特定廠商。然而事件一波未平、一波又起，9月中還爆出進口雞蛋效期標示錯誤，再度引起輿論爭議。
陳吉仲雖多次出面澄清爭議，不過仍難平息外界質疑，17日晚間更是有媒體獨家報導陳吉仲請辭獲准，然政院經過4小時才駁斥，行政院長陳建仁要求陳吉仲持續向外界澄清。陳吉仲雖獲得慰留，不過事發不到48小時，19日晚間依舊「撐不住」，再度政院請辭獲准。
小英男孩掌舵近6年 雞蛋危機「擠牙膏」黨內看不下去
學者出身的陳吉仲，自2016年總統蔡英文上任後，便被相中擔任農委會副主委，也因此被稱為「小英男孩」，到了前農委會主委林聰賢2018年因民進黨九合一大選請辭後，陳吉仲也因此接任農委會主委。農委會今年8月1日升格後，陳吉仲成為農業部首任部長，直至19日請辭，陳吉仲掌舵農委會、農業部近6年。
然而，面對此次的雞蛋風暴，農業部的回應就如同「擠牙膏」，連部分黨內人士看不下，向行政院副院長鄭文燦告狀，陳吉仲、農業部的表現讓黨內人士不滿，都升格為「部」卻連這點危機處理都慢半拍。不過，或許這並不一定是陳吉仲的問題。
內部管理水很深 陳吉仲早欲辭官歸建
據悉，農業部內部並不是「一帆風順」，一知情人士透露，先前曾經發生在野黨索資，但是承辦卻直接將資料送出，並未上報，導致農業部高層、黨政要角未能第一時間掌握訊息流向。一般來說，為避免資料有誤，至少會經過2層控管，但這次卻出現疏漏。另外，前述人士提及，陳吉仲在管理農業部時，經常要面對各方壓力，管理上並非順風順水。
農業部的業務職掌範圍，不是只有這次雞蛋風暴的「畜牧」上，還包含漁業、林業、漁業、糧食、檢疫、水土保持、農民輔導、農業貿易等。部內的「水很深」也並只有在索資未上報，另一知情人士指出，陳吉仲雖為部長，但部分單位業務卻難以掌控，這並非他無心管理，只是心有餘而力不足。該人士也替陳吉仲抱屈，表示無論是誰擔任部長，農業部都會有類似的問題發生。 （相關報導： 陳吉仲「中蛋落馬」難息民怨？林濁水指農業部錯在這裡：辭得真不值得 ｜ 更多文章 ）
陳吉仲私下數度請辭，但也被多次慰留，或許就是農業部業務職掌範圍廣，又難以全數直接掌握在「部長」手上，他最終才會幾經波折後，不接受慰留下定決心走人，返回學校教書。據悉，陳吉仲與前院長蘇貞昌關係也不錯，甚至有意隨著蘇離任，但最後仍被留下，續掌這並不好當的位置。
