林毅夫叛逃大陸時只帶兩種東西，一個是能證明他是中華民國軍官的證件，另外則是水壺、救生衣等救生用品，沒帶任何機密文件當投名狀，證之以後的調查乃是事實，可見他的動機是光明磊落的，沒有違背良心，只是追求另一種機會與夢想，他的行為當時確實觸犯台灣法律，但時過境遷的現在看來，應屬信仰不同的良心犯而已，就如以前的海外異議分子，在國內皆被稱為叛徒，現在皆被稱為良心犯一樣， 1979年12月10日國際人權日時發生於高雄市的一場重大衝突事件，當時被稱作「高雄暴力事件叛亂案」，涉案者皆被依叛亂罪受到嚴辦，後來涉案者皆獲得平反，甚至高居政府要津或政黨領導人。所以「林毅夫叛逃案」現在應改稱為「林毅夫出走案」才恰當。
其實他當年出走時未帶一兵一卒，也未帶任何機密文件投靠，對台灣的危害只是心理層面而無實質的損害，如比諸彭明敏在1964年起草發布「台灣自救運動宣言」推動台獨，許信良在1979年12月15日在海外組成「台灣建國聯合陣線」，誓言要讓國民黨政府從地球上消失。他們對國府的危害性，林毅夫與其相比，可說如小巫見大巫。 但彭明敏還能於1996代表民主進步黨參選中華民國總統選舉。許信良也於1991年擔任民進黨主席。但危害有限的林毅夫卻至今還被追緝，不能免責，實在牽強說不過去。
「林毅夫出走案」發生至今已逾四十年，因配合軍事審判法修正，軍事案件全數移由司法處理。林毅夫案全案卷證，於2014年1月13日移由司法檢察署接辦，法務部研議後認定林屬「繼續犯」，移交後仍持續通緝。軍方也一直放話只要他一回台，就要追究刑責。 到底林案未解是卡在法律問題？政治問題？還是情感問題？其實都不是，而是台灣「凡親中者皆是敵人」的意識形態在作梗。
林毅夫案的處理惟一令人感到欣慰之處是，兩岸都很低調，台灣方面在當時情治勢力高張的戒嚴年代，並沒有禍延妻孥家屬，1983年林妻陳雲英最後還可離台到美與他團聚，大陸方面也未利用林毅夫的投誠當樣板，大事渲染宣傳，還對他一路加以栽培、提拔、重用。算是事件中還能讓人看到人情味的地方。
林毅夫事件中最令人感動的莫過於其妻的忠貞與忍辱負重，以及夫妻兩人間的互信與體諒。
林毅夫就讀政治大學經濟學院攻讀企業管理碩士時，陳雲英則教書、懷孕、生兒育女、操持家務。這時具有遠大志向的林毅夫作出了一個對他們一生有重大影響的決定，他覺得臺灣彈丸之地受制太多，不是施展抱負的地方，他想到大陸，為更多的中國人服務。陳雲英很理解丈夫的鴻鵠之志，她對丈夫說：“你只要決定，就放心地去吧，我會做一個好妻子，好媽媽。”
