相較於遴選制，選舉制更容易讓大學校長選舉「在地化」，越能夠迎合校內教職員各種期待的候選人，越能夠影響校內各勢力的候選人，越有機會當選，大學校長選舉實質上以及形式上都彷彿是鄉鎮村長選舉。
大學校長要做的是對國家社會有利的事，不是作迎合大學內部既有成員的事，縱使大學校長要作的是對大學有利的事，那也不等同作迎合大學內部既有成員的事，有時候大學內部既有的人事物反而是要被改革的對象。
在地化的選舉當然不利於外地人。雖然大學選舉制度不會排斥校外人士，但是，實質上卻不利校外人士參與。有見有識有格局的人，特別是那些頭頂已經有著一片天的傑出人才，不會冒著被羞辱的風險，輕易涉入地方選舉。
回到保密性，明顯的遴選制的保密性遠比選舉制來得高多了，事實上選舉制與保密性兩者之間是互斥的。加上選舉制容易內捲，不利外地人，不保密帶來的被羞辱風險更大。
當然，遴選校長的過程不僅需要適當的保密性，也需要適當的透明度，不一定要身分的代表性，但遴選委員必須能兼顧所有利害關係人如師生的意見和立場，這些因素彼此之間如何平衡也是重要議題。
此外，校長遴選也需要兼顧可課責性 （accountability），這裡只提出一點澄清，以避免一個常見的誤解。遴選校長的人不見得就是監督校長的人，遴選機制和監督機制是可以分開來的，遴選機制賦於校長執行任務的職權，監督機制則是對校長職權的成敗與品質進行問責。
呂忠津：長聘教授是公共課責核心對象，成立常設校務監督機制
校長遴選制度改革——以清大為例
（一）校長遴選的公共課責
首先是同意權行使，全校教授、副教授不記名投票，以過半數為門檻；但僅同意權投票程序為必要條件；惟通不通過同意權投票影響最終遴選決議之門檻。可以投票的人，只有具有長聘資格的教師有同意權。
同意權行使之策略是就合格候選人中1至2人同時或分次辦理行使同意權，其中有候選人保密的問題。
此外，需要明訂校長遴選委員會解散之要件，經資格審查、推舉進入同意權投票以及遴選議決程序而未能從合格候選人中選出校長人選，則遴選委員會解散重來。
（二）建議
關於校長遴選委員會之公共課責，包含：
1. 全校教授、副教授同意權之行使程序為必要，可以加上職員代表、學生代表，但核心成員還是要長聘教授。
2. 明訂遴委會未能完成遴選任務解散要件。
3. 校長施政公共課責之行使，建議：
(1)成立校務監督委員會—校務會議之常設委員會。
(2)校務監督委員會執行校長任期期中政績意見徵詢，結果向校務會議報告。
我們不稱評鑑，而是意見徵詢，資料揭露就具有公共課責。
3. 校務監督委員會為校長去職案的受理單位。
4. 校務監督委員會職責包含查詢學校重要行政措施及提供建議。
