在所謂公民意識崛起浪潮下，林全、賴清德2位閣揆請李應元掌環保署，主盼李應元能憑公認的柔軟身段，在多個議題穩住環保團體，尤其副署長是環團出身的詹順貴。只是，2018年民進黨縣市長在韓流崛起下大慘敗，與環保署有關的老車汰換，被視為是導致慘敗的重大政策之一，李應元也辭官負責，但李應元雖暫離政治第1線，也憂心時局，尤其掛心蔡英文的連任，蔡英文與賴清德的民進黨初選對決，更讓重情重義，和2人都有交情的李應元很糾結。
美西海外整合工作返台 李應元傳身體不適動手術
不過，在中國國家主席習近平對台強推「一國兩制」，及香港抗中氛圍下，民進黨總統初選，蔡英文以「辣台妹」人設勝出，民進黨也逐漸有了對抗韓流底氣，在蔡賴配還未具體成形前，李應元也在時任民進黨主席卓榮泰、民進黨秘書長羅文嘉請託下，到美西襄助海外整合工作。只是這趟行程返台，就傳出李應元身體不適，進了醫院動手術，身形也削瘦不少，對比2000年起，陳水扁、謝長廷、蔡英文每場總統大選幾乎無役不與，李應元在2020大選卻神隱，但這絕非李應元不想幫忙，而是剛動過刀的身體，真的需要調養。
不過，破800萬票連任總統的蔡英文，並未忘記李應元這位老友及老將，蔡英文委請李應元再歸隊，在僑務或外交事務上襄助，幾經折衝，如同當年民進黨首次中央執政，李應元被委以外交職務，最後在蔡英文請託下，李應元外派台僑眾多，近年政情複雜的東南亞要衝泰國，李應元上任前，幾場與政界與媒體友人餐敘話別，仍是一貫的熱情爽朗，只是，這也是不少人和李應元的最後一面。
李應元當年因為政治，在海外流浪，最後也因政治，再到海外結束政治職涯，但如當年成功闖關，疫情紛擾下，李應元幸得回到一生熱愛的台灣祖國安息，李應元政治路上，走得真如那首〈海海人生〉，但確是民進黨不論在野或在朝，近30年的無法被遺漏的旋律篇章。
