台灣整體學術水平因為諸多結構性因素的扭曲，而愈益向下沉淪、趨於崩壞。成事不足、敗事有餘的教育部和科技部所推出的諸多政策，是其中最主要的惡因。
首先，這20年來教育部和科技部迷信新管理主義，以競爭型獎補方式搭配各式績效評鑑，造成台灣各大學校園原本多元、深邃的學術生命力，全面性的被量化數字和指標所扼殺。大學中的時間、空間和研究、教學活動等諸多不可共量、不可化約的異質面向，逐漸地被換算成等量齊觀且具有交換價值的數字和指標。這整個過程可說是台灣高教主體性物化和大學知識分子異化的過程。外顯的數字和指標，把大學校園中，教授與學生在探求真理過程中，自然滋長的心領神會和歡會神契給遮蔽了。師生之間只剩下各自的利益計算和貌合神離的虛情假意。
這20年來，這兩個部會更換過無數的部長、次長和司長，每一任的任期都不長，但他們大多急著在短暫的任期中，提出大而無當、缺乏永續性的計畫。卻在政權轉移過程中，政隨人轉、人亡政息。繼任者常常無心於賡續前任的政策，而覬覦從自己提出的新計畫中展現政績。從長時間來回顧，我們可以發現，教育部和科技部的許多計畫之提出，皆欠缺深思熟慮或忽視審議式民主程序，結果執行上曾喧騰一時，不久便歸於寂靜。缺乏永續性的政策總是如高空煙火般曇花一現，卻煙花易冷且衍生許多非預期的後果。當我們在回顧這些官員的政績時，沒有人會細細追究他們是否應為政策執行的負面後果負起政治責任。於是台灣高教就在政客的起起落落中、計畫不斷地推陳出新中沉淪下去了。
儘管人事不斷更迭、計畫不斷翻新，但績效主義的信仰卻成為歷久彌新的超穩定結構，成為評量大學方方面面的唯一判準。從頂尖大學計畫、教學卓越計畫、典範科大計畫、科技部各項計畫，乃至校務、系所專業評鑑和內部教師評鑑等，大學校園和大學知識分子們一方面瘋狂地搶奪政府計畫，一方面窮於應付各類評鑑和訪視，造成的是整體高教盲目的過動和各類研究、教學的淺碟化和速食化。
在學術研究方面，被期待短期速成的計畫申請和成果報告，壓縮了學術深思熟慮的條件，對學者而言，最安全的研究取徑就是在既有的典範、理論和方法論預設下，提出呼應或印證學科主流觀點的計畫。在現有的評鑑酬賞體制下，套用既有模型來快速量產論文，成了台灣學者力爭上游、掌握權力及利益的主要路徑。
這造成了一種路徑依賴的慣性，也就是，不斷地沿用既有的思維框架，提出研究假設和預期發現，無意間造成台灣大量研究計畫的套套邏輯和同義反覆。在台灣現有的制度環境內，這樣的路徑依賴是最被鼓勵的或最十拿九穩的。反之，勇於逾越學門主流或科際界線的研究計畫，不但鮮少受到鼓勵，更常被計畫審查機制和評鑑指標給系統性地排除或懲罰。 （相關報導： 徐丞志觀點：高教「有將無兵」，沒人念博士怎麼拚排名？ ｜ 更多文章 ）
換言之，台灣教、科兩部主導之下的學術研究環境和所建立的賞罰體制，造成台灣高教學術研究偏向量多質差、缺乏典範創新的可能性。而這樣的庸俗化學術生產環境卻非常有可能繁衍出學閥的權力與利益網絡。這個網絡，一方面以近親繁殖的方式培養學術裙帶關係，一方面以學術外包的分工方式量產論文。結果是在平庸的學閥操作下，無限複製平庸的研究成果，必要時不惜作假。這樣平庸的學術成果在台灣卻具有高度的交換價值，可以換算成大量的金錢、名聲和權力。換言之，台灣教、科兩部和官、學主管們所打造的績效評量和酬賞體制，恰恰注定了台灣整體學術研究水準不可能在國際上拔尖和卓越。
