澎湖縣長王乾發被媒體發現，今天（24日）早上6時才與72名空難家屬，共同搭乘復興航空班機飛往澎湖，顯然昨天在台灣本島，遭質疑颱風天縣長卻不在家坐鎮防災。
23日午後颱風逐漸遠離，但根據中央防災應變中心的麥德姆颱風災害應變處置報告，晚間7時，澎湖縣仍開設2級災害應變中心，尚未完全脫離災害警示範圍。
根據《災害防救法》第12條第1項規定，各縣市成立災害應變中心時，由災害防救會報召集人（即縣市長）擔任指揮官；另《澎湖縣風災災害應變中心作業要點》亦明文規定，「中心指揮官由縣長兼任」。因此即便昨晚7時，澎湖縣災害應變中心已由開設1級改為開設2級，縣長王乾發仍具指揮官身分。
由於23日空難發生後，馬公機場隨即關閉，因此王乾發可能於風災災害應變中心解除開設前，便離開澎湖來到台灣本島。昨晚空難發生後，行政院長江宜樺表示已和王乾發聯繫，中央會盡全力協助地方政府。
