20世紀初期，荷蘭東印度公司控制的印尼獨立聲浪變大，荷蘭在1949年12月承認印尼獨立，但不包括西巴布亞，荷蘭認為西巴布亞的地理型態與民族與印尼截然不同，且為了避免印尼併吞西巴布亞，荷蘭也開始提升西紐幾內亞的教育，培養當地人的國族意識；1961年，西巴布亞國會成立，並升起國旗「晨星旗」（Morning Star flag）。
Invasion by #Indonesia of #WestPapua just because both were under the control of the Dutch is the weakest reason for the theft of a country pic.twitter.com/JvDuzLD6LT
— #WestPapua (@PurePapua) 2017年8月17日
聯合國居中斡旋 印尼舉行「作弊」公投
不過印尼建國領袖、首任印尼總統蘇卡諾（Sukarno）為了驅逐荷蘭影響力，出兵西巴布亞，引發荷、印之間的外交衝突，而荷蘭記取印尼爭取獨立時所付出的軍事代價，因此同意由美國居中斡旋，時任美國總統甘迺迪（John F. Kennedy）說服荷蘭放棄西巴布亞主權，並於1962年在聯合國見證下簽署《紐約協議》（New York Agreement），西巴布亞交由聯合國臨時行政機構（UNTEA）託管。
根據協議，印尼在適當時機讓西巴布亞人民舉辦獨立公投，該方案稱為「自由選擇法」（Act of Free Choice），西巴布亞1人1票決定是否獨立，但印尼卻稱西巴布亞太過「原始」，無法妥善運用公投這種民主機制，因此採取印尼傳統的長老制度，由印尼挑選出西巴布亞當地1026名耆老舉手表決，又剛好這些長者傾向與印尼統一，西巴布亞隨後成為印尼第26個省份。
We need each of you to sign to help us get our message to the UN!. PLEASE sign and share. https://t.co/ErPxRB45pj … pic.twitter.com/iHFQ7U7U5p
— Free West Papua (@FreeWestPapua) 2017年9月23日
對於這次「投票」，聯合國認定長輩受到印尼施壓選擇統一，因此「自由選擇法」依然有效力，而蘇卡諾在1998年下台後，諾貝爾和平獎得主、南非聖公會大主教屠圖（Desmond Tutu）及歐美國會議員要求時任聯合國秘書長安南（Kofi Annan）審視聯合國在此案中的立場，甚至出現由聯合國舉辦西巴布亞公投的聲音，而印尼則稱，聯合國無權干涉此事。
.@UNHumanRights will you continue to remain silent while this happens daily in #WestPapua? #genocide #indonesiahttps://t.co/LNtUmEzq1q pic.twitter.com/cTFQlTpt9K
— Free West Papua (@FreeWestPapua) 2017年9月23日
不可分割的一部分！印尼持續鎮壓獨立聲浪
西巴布亞在蘇卡諾垮台後開始爭取自治，並在2001年獲得「特殊自治地位」，不過印尼仍採取高壓手段，鎮壓西巴布亞的獨立聲音，且軍警對當地人凌虐、濫殺，以及對和平示威者執法過當時有所聞，目前有至少37人因示威要求自由表達獨立的權利而被關押。另外，人權團體和新聞媒體要到西巴布亞地區，也受到諸多限制。
現任印尼總統佐科威（Joko Widodo）在2014年上台後，為了刺激西巴布亞當地經濟發展，計畫解除重重限制，但這似乎只是表象，因為旅遊限制並未有任何改變。佐科威5月曾造訪西巴布亞，並在8月與西巴布亞民間團體、教會和地方領袖會面，表示有意建立機制，解決長期以來的爭議，但也表達保持領土完整的立場，反對西巴布亞獨立。
