親北京的香港執業律師鄭國傑則認為，即使有人權法保障個人自由，條文也會受到保障國家安全的限制。香港資深大律師湯家驊說，人大法工委在說明中，已提到港府要依法保障居民受《國際人權公約》下享有的權利和自由，認為港區《國安法》不會高於或凌駕基本法。
4. 國安案件由香港特首指定法官
根據新華社發佈的草案，香港特首未來會擔任香港的「維護國家安全委員會」主席，並有權指派法官審理國安案件。
香港大律師公會副主席葉巧琦認為，特首可以指定法官去審理國安案件的做法是「聞所未聞」，批評「完全是行政干預司法」，情況令人憂慮，「提訴的是香港特區政府，現在居然是特區政府告一名被告時，是由特區政府首長行政長官去指派法官審理？」
大律師公會主席戴啟思認為，這種做法並不尋常，觸及香港司法獨立的核心，形容是香港主權移交以來的最大轉變，他指出，特首未來同時會是「維護國家安全委員會」主席，由特首任命法官會涉及利益衝突，預料衍生許多問題。
陳文敏接受香港媒體訪問時質問，特首會按什麼凖則挑選法官，「是否因國籍、忠誠度？還是查了三四代，認為法官信得過？」
在香港的法律制度中，案件由哪個法官審理是由該層級法院的首席法官決定，並非由特首負責，就算部分案件需要由特首委任，特首一般也需要按終審法院首席法官的建議去委任合資格法官。在任命香港終審法院首席法官的事宜上，特首可以按法定獨立的「司法人員推薦委員會」的建議作出任命，再徵得立法會同意下決定。這種關係是基於香港奉行的「三權分立」的原則。
有分析認為，這種做法是要避免外籍法官審理國家安全等敏感案件。中國全國港澳研究會理事、香港法學交流基金會高級顧問顧敏康接受中國官媒《環球時報》訪問時稱，中央將任命法官的權力賦予特首，可確保審理國安案件的法官「尊重國家安全，具備愛國情懷，有意志和能力履行特區維護國家安全的義務」，「或許比直接禁止外籍法官審理國安案件更具備有效性」。
香港律師會前會長、港區全國政協委員蘇紹聰則認為，《國安法》屬於國家層面的事，案件很多時涉及國家機密，如由特首指派法官去行使參與權，他認為是非常合理。
5. 罪名定義含糊
根據中國人大有關港版《國安法》的說明，草案明確規定四類危害國家安全的罪行和處罰，包括分裂國家罪、顛覆國家政權罪、恐怖活動罪、勾結外國或者境外勢力危害國家安全罪。
