相對於國會、在野黨追究「消失的8億日圓」及安倍昭惠就任名譽校長問題，大阪當局則指出，這間小學校目前雖處於建設階段，但事實上並未「正式」取得大阪府政府的許可。NHK指出，要成立新的私立學校，「籌備金」（日稱「積立金」）必須達到文科省的學校會計基準，但營運的森友學園在2015年底的審議會上僅表示：「目前籌備金雖為零，但我們會透過募款來維持營運。」而後便不了了之。
幼稚園教育方式惹議
事件爆發後，森友學園在22日臨時召開的審議會上表示：「目前募款金額已經超過預期目標，但原本預計會有約160名學童的招生計畫受阻，僅有45人提出入學申請。」除招生人數不足外，森友學園旗下幼稚園發給監護人的文書也遭批評，內容寫到：「心懷惡念的在日南韓人及中國人」（原文為「よこしまな考えを持った在日韓国人や支那人」，「支那人」為對中國人的蔑稱），大阪府目前正在考慮對該學校進行行政指導。
異常
— 本田 宏 (@honda_hiroshi) 2017年2月27日
「安倍首相がんばれ」。学校法人「森友学園」（大阪市）が運営する幼稚園の運動会の選手宣誓で、園児が連呼していました。国論を二分したあの法律の成立もたたえていました。https://t.co/VOOi5dtu2Q
除前述的文書外，《朝日新聞》還從幼稚園家長取得2015年秋天運動會的影片，影片中4名代表園童在選手宣誓時表示：「為了得到父母的讚賞，我們會竭盡全力」、「我們打從心底請求將日本視為『惡人』的中國、南韓，不要在歷史教科書中編撰謊言，教導下一代。安倍首相加油！安倍首相加油！新安保法能在國會通過真是太好了！」 竟讓幼兒念出政治言論，在日本政壇也引發軒然大波。
政治中立不再？校方恐吃官司
值得注意的是，除2015年秋天的影像外，在更早之前舉行的運動會影像中，園童也照校方的講稿宣誓「安倍首相加油！」等等，且有多名監護人表示，園童曾接受職員指導，並進行宣誓練習。日本現行《教育基本法》第14條明確規定，包含幼稚園等教育機構在內，都不可以進行支持或反對特定政黨的政治動。
而安倍首相27日接受國會質詢時對此回應，他從未要求園童或任何人，在公開場合大喊「安倍首相加油！」，同時強調校方行為「並不適切」，表示會交由大阪府及文科省確認影像是否屬實。此外，首相夫人安倍昭惠2015年9月到該幼稚園演說時曾表示：「這間幼稚園在做的事情真的很棒，但僅限在這間幼稚園而已，從這裡畢業的學生，未來會去普通的公立學校，接受普通公立學校的教育，在這裡好不容易打起的基礎，會隨（學童）進入其他學校後瓦解。」對此發言安倍則表示「不清楚詳細內容」。
