台塑與中油投資案相繼落空，卻也導致了雲林離島工業區新興區開發乏人問津，上百億元投資的中斷，讓監察院為此糾正經濟部，根據監察院調查報告，截至2016年底止，經濟部產業園區開發管理基金於「長期墊款」項目下，已懸列該工業區規劃設計調查、環境監測調查、設計與管理及環境資源管理等支出26億3687萬餘元尚待處理，因應榮民工程民營化，經濟部為了要接收離島工業區，甚至得因此舉債106億元，連同委外維護土地管理費用每年706萬餘元，對產業園區開發管理基金，形成重大財務負擔。
離島工業區成經濟部財務負擔 改種綠電又變藍綠角力戰場
由於雲林離島工業區新興區283公頃土地，已經淪為蚊子工業區，立法院審查經濟部作業基金預算過程，一直對新興區土地長期閒置頗有意見，立法院審查中央政府106年度總預算時，也通過預算主決議，強調新興區自2010年1月4日公告標售，惟歷經6階段12次標售，均無人投標，「爰要求應積極完成公設並媒合潛在需求者，以創造雲林地區就業機會並減輕基金財務負擔。」
據了解，雲林離島工業區引進綠電業者，在2016年民進黨執政後，不僅成為藍綠地方的角力場域，就連負責能源政策規劃與工業區招商的經濟部，也常常出現「左手打右手」的情形，去年能源局推動離岸風電風場的競標，英華威轉投資的允能光電，竟然申請在離島工業區的四湖工業港預定地海域，架設離岸風機，一度引起工業局的不滿。
由於經濟部工業局在推動離岸風電國產化等政策上，常常與能源局發生「不同調」情況，今年蘇內閣上台後內閣改組，前能源局局長林全能升任經濟部次長，負責督導工業局，經濟部內部就傳出「整頓」工業局的說法。
據了解，儘管有英華威在內的綠電外商，「相中」離島工業區，但經濟部工業局在前行政院長賴清德任內，始終主張雲林離島工業區新興區土地，應該以製造業需求為優先。
「製造業優先」遇綠能讓位！財政平衡政績是數字遊戲？
根據中央政府107年度總預算，儘管立法院通過106年度預算主決議，要求經濟部研議「雲林離島式基礎工業區新興區土地租售因應措施」，當時經濟部函覆立法院的公文明白指出，行政院於2017年3月24日「再生能源六大專案執行進度檢討會議」決議略以「雲林離島工業區新興區已完成造地工程之區域，現階段宜評估保留，視製造業土地之需求，再予研議」，原則以製造業需求為優先。
經濟部當時強調，為提升新興區土地利用，經濟部將推動工業區土地出租優惠方案，提供前2年免租金之優惠，該方案已於2017年函報行政院，並經2017年1月10日國家發展委員會審議在案，招商實施期程為「自公告日起至108年（2019年）12月31日止」。
不過，就在離島工業區新興區核定招商實施期程，即將屆滿之際，經濟部工業局於上月14日召開「雲林離島式基礎工業區新興區東二區再生能源招商說明會」，將原本「製造業優先」的政策，改由綠能業者開發，預估發電裝置容量約209MW，得標廠商前2年享有免土地租金之優惠，之後每年租金約1.1億元。
一個投入上百億的離島工業區投資案，面對2025綠能轉型的政策，竟然如此輕易的讓位，經濟部「產業園區開發管理基金」背負106億元負債，因為屬於「自償性債務」，並沒有列在中央政府負債餘額之中，然而，該基金實際上每年上億元的利息成本，和綠電業者每年1.1億元的租金相抵後，根本毫無收入可言，對照總統蔡英文不斷強調的財政平衡「政績」，這難道不是另外一種數字遊戲嗎？
