專家推估，目前全國「藥價差」已來到6、700億元，占健保整體藥價20%，其水深不見底，難怪不少人用「藥價黑洞」來形容這種長期存在、不正常的現象。藥價差簡單來說就是指健保支付給醫療院所的藥價，與醫療院所採購藥品實際交易價，兩者之間的差距。站在商業行為的角度來看，藥廠對長期往來的醫療院所打點小折扣，看似無可厚非，但當「小折扣」愈捅愈大，甚至影響到醫療院所的進藥選擇，以及醫師用藥行為，可能就會影響病人用藥安全。
健保署指出，藥價差的形成是依《健保法》第62條規定，「保險醫事服務機構應依據『藥物給付項目及支付標準』向保險人（健保署）申報所提供之費用」。換言之，全民健保是以統一支付價格支付醫療院所；而當特約醫療院所採購之藥品價格低於藥物給付項目及支付標準時，即形成藥價差。
