《反思史學與史學反思》完整地交代人們的「認識」如何誕生、運作，成為作者所稱的表徵。本書特別強調「人類生態」在歷史知識、歷史記憶生產過程中所扮演的角色。人類生態包含三者，分別是「環境」、「經濟生業」與「社會結群」。環境就是地理條件，經濟生業則是人類如何開發土地資源，形成不同的經濟型態；最後，當人類為了從事特定的經濟活動，建構了各式各樣的社會組織、群體，也就是作者筆下的社會結群。
大部分的研究者已經注意到，不同的社會群體，他們選擇作為認同的物質、人物、一段歷史故事，都會因為他們的社會身分（例如工人、高中生、台北市政府員工等）而有所不同。相形之下，作者認為「人類生態」是一個缺乏深入探討的因素，我們居住成長的土地條件，深深影響我們如何記憶。例如某地關於祖先的傳說是這樣的，當地有三塊可開墾的土地，貧瘠有別，對應到傳說故事：很久很久以前，有三個兄弟來到這裡，佔住最好那塊的是老大，其次是老二，最次是老三；這個故事合理化資源分配的現況。
既然如此，我們所知所習的知識，產生了潛移默化的效果，令我們只能夠聽到一種聲音，這就是社會化的過程。最能夠象徵這個過程者，莫過於「博物館」、「展覽館」。我們常覺得「眼見為憑」，但其實社會藉此傳遞的並非真實的「歷史」，而是傳播主流的「文化」。正如作者所陳，博物館中對於原住民或少數民族之傳統的展示，是「我們」透過物品的選擇、安排、展出，來傳遞出一組結構完整的社會記憶。親眼所見不一定真實，我們所見到的只是一個充滿「表相」、「象徵」的世界。
不論是學院裡的研究者，或是社會上的所有人，如何不被表象所蒙蔽，因此變成了關鍵的問題。如何反思各種資訊的意義，也就是作者推出「反思史學」的價值所在。本書提倡「在文獻中作田野」（do ethnography in archives），揭櫫三種分析工具，分別是「陶器的比喻」、「凹凸鏡的比喻」、「燃燒木桿的比喻」。
其一，當我們接收到一則訊息審視一份歷史文獻，聆聽一段對話時，都應該注意書寫者（製陶者）選擇那些要素作為材料，而他的選擇與其認同情境是甚麼？書寫者怎麼把過去編織成故事，在甚麼樣的場合中述說、怎麼述說，用甚麼樣的形式保存這份文獻？
其二，不僅要關注這只陶器，閱聽者更要觀察不同社會情境下人們所說的「歷史」差異，透過比較的眼光，我們得以區別不同陶器的結構（偏見）。
最後，作者提醒我們要把眼光從「結果」移到「過程」；換句話說，歷史就像是燃燒木桿，如果我們只是注意看到燒掉的殘餘，忽略尚未燃燒的木桿，都是過分偏頗，反之亦然。更好的方式是仔細觀察「正在摩擦快要發熱的那一部分」，也就是反思歷史變化的各種動態因素，絕非拿著結果倒推過去，受典範歷史的箝制。例如，木桿未燃與已燃的部分代表某種社會變遷前、後的差異，我們如果只看到未燃的部分（未漢化）或已燃的部分（已漢化），自然容易做出判斷。作者借鑑在中國邊疆田野的經驗，認為微觀這些處於「漢、非漢」之間的人們，如何交換訊息、相互影響，更能說明漢化的意義。
