8月5日晨，海軍副總司令馮啓聰根據「蓬萊一號」計畫，下令巡防第二艦隊司令胡嘉恒率劍門、章江兩艦出發，秘密護送陸軍特勤隊突擊東山島。8月6日上午，蔣介石主持作戰會議，會中黎玉璽報告劍門、章江兩艦與共軍遭遇並發生海戰，但黎當時還不知道兩艦都已沉沒。會後，蔣介石再聽取海軍總司令劉廣凱報告海戰經過，劉指責空軍虽偵察到共軍的進攻艦隊，但因黎玉璽預令空軍，不得其命令不准轟炸，故未對敵艦投彈，錯失戰機。蔣認為「如我空軍當時對此艦投彈，至少可阻止其向我艦進擊，則我兩艦自可得救安全也，而黎竟限制其轟炸，殊為可痛。」8月7日，蔣獲悉劍門、章江兩艦被擊沉後自記「特憂我海軍負責之黎玉璽，劉廣凱無知，無能，不能再負其反攻戰爭之重任；而又憂無人可為之，繼任者更愁幹部之缺乏，不知前途之如何結果矣。」[26] 不過，蔣介石當天依然覺得，此次無端之災「究為利害或因禍得福，不能預料，但余不因此以改變反攻原來之決心與計畫，乃督導積極實施也。」[27]
但是，當蔣介石了解更多「八六」海戰慘敗的事實後，他認識到國軍參謀總部與陸海空三軍協調配合能力的重大缺陷，自信心開始動搖。8月14日，他開始「考慮反攻展延一年時間之後得失」。[28] 8月21日，他又記「考慮反攻行動之延期的利害得失甚切，此為本身作重大政策之決定也。」[29] 蔣介石拿不定主意，就去日月潭休養一週，「對反攻時期與國家存亡，以及個人責任，作一次深遠之考慮。」反復思考時，他對「美國與強權自私，不知利害，不分敵友，而且以友為敵，欺善怕惡，畏共避戰，以及其對越戰之無知盲目，自以為是之愚笨行為，不勝痛苦。」最後，經過一週「熟慮深思之後」，8月28日，蔣介石在日記中寫下「沉機觀變」四字，決定「對反攻時期作重大之修正，任由美國自蹈共匪之陷阱，以彼美愚昧而又狡詐，無法使其回頭猛醒也。」他又「自定『埋頭苦幹，積極備戰，充實武力』，而作第二次從頭做起之打算，以保留國家民族一線之生機而已。」[30] 8月31日，蔣介石下令撤換了陸海二軍總司令劉安祺和劉廣凱。當天，他在本月反省錄中說明「海軍劍門、章江兩艦在東山島突擊，被匪艇多艘圍攻而擊沉，官兵殉國者一百七十人，不勝悲痛，乃命該劉廣凱總司令辭職，此實為我反攻計畫是否展延之動機也。」[31] 蔣「對反攻行動是否延展之問題考慮至切，此乃革命成敗，國家興亡之重大問題，故在此最後關頭，不能不作最後之考慮也。」結論是「反攻復國大計，自應重加研討，不必如過去之急促， 乃有沉機觀變之餘暇，時間亦不必如過去之冒險進擊，獨當其衝矣。」[32] 蔣介石8月28日和31日這兩段日記，記錄了他1965年中戰略思想的重大修正，從此，他放棄了主動反攻大陸的國策，改採「沉機觀變」以保留臺灣生機的戰略。不過，除了蔣經國以外，他當時恐怕沒有將此重大改變告訴任何人。
