當時聯合特別警衛指揮部就情報權責劃分，對國家安全局亦提出特別警衛情報需求與相關重大情報分享要求。現今特種勤務所謂基本原則：兩大目標、三項要求、六種方法。亦發軔於此時期。顯見此階段，在護衛元首歷史上的重要性。
聯合警衛安全指揮部由國安局局長兼任
民國64年4月5日蔣中正辭世，雖由副總統嚴家淦繼任總統，然而嚴家淦除以蔣中正時期空軍武官彭傳樑擔任侍衛長，相關警衛仍沿舊制。
蔣中正辭世前，當時行政院院長蔣經國的安全維護，以其為總統家屬，列為聯合特別警衛指揮部安全維護對象。民國61年6月蔣經國擔任行政院院長，由於勤政愛民，加以蔣中正身體多時不適，致使當時政治中心逐漸轉移至行政院長，64年4月蔣中正過世，基於依法行政理念，同年8月聯合特別警衛指揮部，去掉「特別」加上「安全」兩字，改組為聯合警衛安全指揮部(下稱聯指部)，並由國家安全局局長兼任指揮官，名正言順將維護院長蔣經國的安全，原屬聯合特別安全指揮部的七海警衛室賡續納入編組。
當時聯指部設有少將副指揮官，並由時任七海警衛室主任徐耀庭擔任，徐耀庭亦畢業於陸軍官校(王曲分校)17期，從大陸時期就投身警衛工作，為人和煦踏實，忠於職守。由於彭侍衛長尊重聯指部職責，加以與當時七海警衛室兼主任徐耀庭在蔣中正時期，就素相熟捻，聯指部勤務運作尚稱順暢。
民國67年5月20日蔣經國當選中華民國第6任總統，仍沿用彭傳樑為其侍衛長，由於之前七海警衛室在徐耀庭時代，即以蔣經國之行止與住家，建立完善嚴謹的警衛制度。因而蔣經國就任總統之職，徐耀庭調為總統府副侍衛長仍兼七海警衛室主任執行警衛安全工作。
民國68年9月駐防金門的284師師長周仲南，奉調為蔣經國總統第二任侍衛長。由於徐耀庭為陸官17期，周仲南為陸官26期，基於軍中倫理，徐耀庭調陞聯指部中將副指揮官，副侍衛長則由在七海警衛室任職，同為陸官26期的馬有敬接任，並兼任七海警衛室主任。由於馬有敬係於66年從憲兵體系調入聯指部上校主任，並兼七海警衛室組長，與徐耀庭本為上下隸屬關係，徐耀庭調陞聯指部中將副指揮官，就任務編組言，仍為七海警衛室之上級，因此七海警衛室在業務與警衛整備方面，常依循任務編組體系處理，時將周仲南虛置一處。對此，周仲南常感芒刺在背。
侍衛長兼聯指部副指揮官體制更趨完善
1980年1月23日下午兩點，七海一號道路警衛線，中山北路長春路口夢咖啡前憲兵便衣哨(當時便衣憲兵可留長髮化偽裝身分，以利任務執行)，與跨區辦案的大同分局刑事組(偵查隊)兩名便衣幹員，發生誤會引發槍戰，結果便衣憲兵腿傷，一員便衣刑警腹部中槍身亡。當時周仲南不滿侍衛長有職無權，對此事未能立即獲報。因此與當時國安局局長王永樹肇生權力角力。終而侍衛長納編為聯指部兼副指揮官，聯指部也因為此事，訂頒「情治人員攜帶武器進入聯合警衛地區通報管制規定」，使得聯合警衛體制日趨完善。
