可能因為出身於大陸工作會報與陸委會，而且陳水扁搞得太糟，馬對兩岸問題信心滿滿，固然外人特別是美方對其兩岸政策讚許有加，但令其一路潰敗的主因之一則在大陸政策失當，國民黨2014年與2016年兩度大敗可為明證。自李登輝以來台灣政壇黑金橫行，馬以清廉著稱，卻無力整治黑金，廉政署的建置本應參考績效卓著的香港廉政公署，卻配置在法務部內，與原本就有的檢調體系疊床架屋。台灣各公務體系不斷爆出個人或集體貪瀆事件，可見整治無力，事在人為，必先在於有心，於此事，馬不用心。台灣的憲政體制不合理早為許多專家學者詬病，李登輝與陳水扁修憲後更是憲法怪胎。學法律出身的馬英九口口聲聲說台灣的憲法是雙首長制，在修改過後的憲法本文卻看不到可分庭抗禮的雙首長，只看到總統的獨尊。說什麼「行憲比修憲重要」，恐怕是捨不得超級總統的權力，錯過重大的歷史機遇，最後自己也被此體制重傷。也許早就想為連任準備，對二二八歷史真相不敢揭露，曲從獨派假史，未能一上台便完全改正陳水扁遺留的獨派假史課綱，種下台灣新生代陷溺於歷史蒙昧主義，爆發「大腸花」學運，重挫馬最得意的大陸政策。歷史真是偉大的幽默者。
大陸政策陷台灣於消極被動的處境
馬在2007年競選期間便提出要回歸「九二共識」，支持「一個中國」，但這「一中」是中華民國，因此，馬的「九二共識」是「一中各表」，模糊了當時「雙方各自以口頭方式表述堅持一個中國原則」的歷史真相，實際上與綠營人士提出的「憲法一中」沒什麼差別。對兩岸關係則定調於「不統、不獨、不武」。
不論是「一中各表」或「憲法一中」，都將是中華民國憲法對上中華人民共和國憲法，其邏輯結果不是「一中」，而是「兩個中國」的主張，嚴重背離「一個中國」的事實，自然是美國人最喜歡見到的實質結果，當然深刻傷害中華民族的核心利益。一個哈佛法學博士應該不可能不具備認識到這一層結果的能力。
若是比較扁馬兩任總統的兩岸關係，不容否認的，天淵之別，馬任期中兩岸關係確實大幅改善，有許多正面的表現，一般人因此認為，馬對兩岸關係的發展有重大貢獻。然而，評價掌權人物應就其權力所能及之事為評斷標準，能做且做，得分，超過期許，得高分，能做未做，或做而未及，扣分，不因比他人的結果好而得分。
其實，馬只是去除了陳水扁極為脫離現實的乖張行徑與取向，僅僅是為自己政績考量，回歸了最低限度的現實該有之消極的正常，談不上真正值得加分的積極貢獻。站在台灣的立場而言，馬的「不統、不獨、不武」姑且不論是否有違憲的嫌疑，早就被助其提出此調的第一任國安會秘書長蘇起判定不適當，問題之大可以想見。最大的問題在於遮蔽了台灣的戰略眼光，自動放棄了戰略機遇，令台灣在兩岸關係互動中只能消極被動，困居守勢，越來越被邊緣化。站在台灣與中華民族利益的角度而言，又因對內堅持「一中各表」的說詞，無法採用「內外有別」的機制，與大陸及早開啟政治談判，積極主動戰略進攻，唯一滿足的則是美國人的利益。親痛仇快，莫此為甚。
