新生兒可能經由孕婦分娩過程或產後人際接觸等途徑感染腸病毒，常見好發於新生兒的腸病毒為伊科病毒及克沙奇病毒。孕產婦要勤洗手、注意個人衛生、避免出入人潮擁擠和空氣不流通的公共場所。
產前14天至分娩前後如有發燒、上呼吸道感染、腹瀉、肋肌痛等症狀，應主動告知醫師。新生兒照顧者應注意新生兒感染腸病毒3大警訊（發燒、活力下降、喝奶量變少及腹脹），一旦發現新生兒出現上述初期症狀，應儘速帶至醫院接受治療。臨床醫師如遇下列狀況：1.孕產婦或其家中成員有疑似發燒或感染症狀、2.嬰幼兒因發燒住院、3.任何新生兒疑似敗血症，都需提高警覺可能是新生兒腸病毒的感染。
疾管署監測資料顯示，國內第18週（4月28日至5月4日）健保腸病毒門急診就診計7,183人次，較上週增加12.7%；各區就診人次均呈上升，其中花東地區上升幅度較其他地區為高，且近3週均檢出腸病毒71型輕症個案。今（108）年累計8例腸病毒併發重症病例，分別感染腸病毒71型4例、腸病毒D68型2例、克沙奇A10型及克沙奇B5型各1例。
衛生局呼籲，除了新生兒腸病毒，感染容易造成併發重症的腸病毒71型及腸病毒D68型也蠢蠢欲動，家中有嬰幼兒的成人工作或外出返家務必先更衣，摟抱、餵食嬰幼兒前，應以肥皂正確洗手；若家中嬰幼兒經醫師診斷感染腸病毒時，應在家休息，不要上學，且儘可能不讓病童與其他幼童同室，並儘量減少接觸，病患排泄物（糞便、口鼻分泌物）應小心處理，處理完畢也要立即洗手。
5歲以下的嬰幼兒為腸病毒重症的高危險群，若經醫師診斷感染腸病毒時，要注意觀察病人是否出現重症前兆病徵，如「持續發燒、嗜睡、意識不清、活力不佳、手腳無力」、「肌抽躍（無故驚嚇或突然間全身肌肉收縮）」、「持續嘔吐」與「呼吸急促或心跳加快」等，尤其在發病後72小時，一旦出現上述病徵，請務必立即送至腸病毒重症責任醫院(彰化基督教兒童醫院、秀傳紀念醫院、彰濱秀傳紀念醫院)接受適當治療，以免錯過治療的黃金時間。
