通靈師姊 變 獨裁教主「璽光尊」
1941年日軍空襲夏威夷珍珠港，激怒美國對日宣戰，美軍隔年開始大規模空襲日本，圍棋活動斷斷續續，吳清源夫婦在住家遭炸毀後，便跟著璽宇教友四處避難禱告。差不多時間，一位名叫長岡良子（下圖左）的佛教師姐，號稱具有治病法力，擁有許多粉絲跟隨，她也帶著信眾加入璽宇教。
很有領袖魅力的長岡良子，後來宣稱自己奉神諭普渡眾生，開始自封教祖、改號「璽光尊」，自認地位尊貴超越日本天皇，這些宣稱言論讓她多次被捕、拘留，但追隨者就是相信她法力無邊，包括吳清源的妻子、日本相撲第35代橫綱雙葉山定次（上右圖左三）、一些企業家，都感受過她的神力。
吳清源本人沒有特別體驗，但是敬重長岡是位神的使者，他甘願潛心修行，希望透過苦修禱告，庇佑戰火中受苦的眾生，至少有2年時間完全沒碰棋盤。
天璽照妙？天璽顯現？
因為吳清源「靈性」不足，璽光尊其實不喜歡他，看不爽就嚴厲處罰，多次驅逐他離開，只是女教主需要他的名氣，幫忙募款、借屋、傳教、打雜，後來對吳清源施以嚴密控制，剝奪他一切私生活，侵佔所有收入，甚至要拆散他們夫妻。
吳清源竟然為了信仰放棄圍棋，旁人焦急卻苦無對策，後來由《讀賣新聞》出面利誘璽光尊，以豐厚對局費、豪華住所，交換吳清源出戰「升降十番棋」，讓他有機會脫離孤立狀態，慢慢等待妻子和子也看清璽光尊的俗凡面目，1948年後，夫婦才正式脫離，結束那段困苦修行。
忠於信仰遭日本棋院除籍
這段經歷信仰經歷，讓吳清源被外界視為邪教核心份子，在他不知情的情況下，被迫退出日本棋院，之後變成「客員棋士」身分。或因如此，後來中日台棋壇，一直避諱去談那段歷史，就怕講不清楚，有辱大師名聲。
吳清源：我始終是紅卍教徒
儘管很多人替他感到尷尬，吳清源對信仰態度坦蕩，經過反覆探查思索，他說自己始終是紅卍教信徒，畢生以世界和平、中日友好為己任，尤其想透過圍棋，促進全球各國之間的友好關係。他退役後廣泛研究各種典籍、宗教，無論是棋藝或信仰，總是努力更接近真理。
他的助手牛力力回憶2003年，全球籠罩在SARS（嚴重急性呼吸道症候群）疫情、第二次波斯灣戰爭陰影中，吳清源在疫情最熱的時候有感而發：
「不用擔心SARS，那很快就過去了，但戰爭中人跟人互相傷害，100年都過不去。」
當時大家都認為，SARS可能會變成人類浩劫，美國推翻海珊（Saddam Hussein）政權後，很快會結束伊拉克戰爭，如今看來，吳清源的預測更接近事實。
