清冠一號是使用天然化學成分的抑制劑
科學家利用人工化學合成外型與反應物很像的抗病毒藥物，法匹拉韋（Favipiravir）的外型與RNA聚合酶的活性中心很像，所以是RNA聚合酶的抑制劑，使病毒無法產生新的RNA擴散感染其他細胞，如圖四(a)所示；帕克斯洛維德（Paxlovid）的外型與3CL蛋白酶的活性中心很像，所以是3CL蛋白酶的抑制劑，使病毒無法複製大量病毒，如圖四(b)所示。
從上面的介紹就可以發現，所謂的抗病毒藥物，就是用人工化學合成與病毒蛋白酶活性中心立體結構相似的抑制劑，而清冠一號抑制蛋白酶的三種機轉如圖三所示[2]：
1.阻斷病毒棘狀蛋白質與人體細胞表面ACE2受體結合，減少病毒入侵細胞內的數量；
2.抑制細胞內3CL蛋白酶的活性，阻止病毒的複製；
3.抑制肺泡上皮細胞分泌腫瘤壞死因子（TNF）與介白素六（IL-6）等蛋白質，減少細胞因子風暴的風險避免重症。
清冠一號是天然的西藥不是傳統的中藥
清冠一號的作用機轉就是一種抗病毒藥物，也是一種抑制劑，只不過它的成分不是人工化學合成而是植物的天然成分，如附表所示，競爭性抑制劑的原理其實就是「外型與反應物很像，佔據活性中心使反應物與蛋白酶無法結合」，當然不一定要人工化學合成，使用植物的天然成分也可以，事實上除了清冠一號的研究團隊發表相關的學術期刊[3]，國外也有許多學者研究天然成分對新冠病毒的抑制效果[4]。
清冠一號是在實驗上證實有效衛福部才給予緊急使用授權（EUA），並非沒有療效實證，至於證據是否足夠的確需要更長的時間去驗證，畢竟這回的新冠疫情來得又急又快，許多疫苗與藥物都沒有足夠的臨床實驗，只能一邊緊急使用，一邊收集數據，一邊統計分析，這也是不得已的事。因此衛福部長說：中西醫系統不同，各有依據，依照程序做審查並提供公費[5]。
清冠一號是天然的西藥不是傳統的中藥，因此必須使用科學方法粹取製作，確保分子結構都完整保留下來，再進行臨床實驗，經由衛福部核准才有功效，如果我們去一般中藥店買這幾味藥自己高溫煎煮，可能會破壞分子結構就沒有效了！因此衛福部長說：沒有什麼類清冠，藥物就是藥物，有一定的名稱，不可以混淆視聽[6]。
此外，要記得所有的抗病毒藥物都必須在病毒進入我們身體尚未大量複製繁殖之前就使用才有效，如果已經大量複製繁殖重症才用就來不及了！因此一般必須在感染後五天內使用，理論上愈早愈好，而且清冠一號是天然的西藥不是傳統的中藥，更不是保健食品，因此必須經由醫師處方才能使用。
