爭論不休的菸害防制法修正草案修法困難重重，從一開始新興菸品開放加熱菸、禁止電子煙的一開一放問題，到菸草限重15克變相禁止細支菸，以及指定菸品的健康風險評估該如何執行等問題，都讓民間團體或是朝野立委十分關心，尚未審完的菸防法正加速處理，擬於下週擇期再審。
爭論最多的是對指定菸品的健康風險評估機制進行探討，國健署署長吳昭軍於本月18日說，「至於健康風險評估的審查，等菸防法通過後，才會制訂健康風險評估審查辦法，辦法內會規定業者要繳交的相關文件，包括業者自行做研究成果等，大概會比照美國FDA所要求業者所提送的文件，」並將加熱菸載具納入評估範圍，通過與否的標準，會視審查委員會而定。
立委蔡易餘等人提案，若指定菸品已通過德國、英國、美國、日本等十大醫藥先進國家之一國衛生機關許可上市者，可取代健康風險評估審查。立委陳瑩說「有些菸品審查是曠日廢時，評估是什麼機制?誰要做?有沒有能力做?」「若擔心每位業者的報告各說各話，十大醫藥先進國家衛生機關是不是可以拿來做參考?」立委蘇巧慧也表示，若同一產品在國際上已通過評估的話，台灣是否可以認同，也是值得思考的問題。
對此，學者也有看法，臺北醫學大學公共衛生學系莊凱任教授指出，台灣如有修法急迫性，與其參照美國FDA的方式需耗時1至2年才能完成審查，在此期間可能還會導致黑市產生，不如參考歐盟、英國、紐西蘭的「申報」機制，要求業者在產品上市前繳交相關資料，並定期監管，讓台灣的菸品管理方式與國際接軌趨向一致性。
民間單位指出，事實上，先進國家都是採用業者提出的健康風險評估報告交給政府單位審查，符合比傳統紙菸危害低即可販售。電子煙自救會也表示，政府應該為民眾把關，透過健康風險評估將低價劣質產品汰除。不要在能管理的時候選擇放棄，未來就要面對高達百億市值、難以掌握流向的地下經濟。
另外，引起業者、消費者反彈的還有加味菸，通路業者表示，俗稱「涼菸」的薄荷口味菸首當其衝，在一線銷售觀察，加味菸市占率約為兩成，若修法通過，影響的恐不只是業者的收入，還有國庫稅收，私菸查緝成本更是難以估算。
目前菸害防制法中，將菸品定義是否納入加熱菸載具、菸品菸捐、健康風險評估標準及警示圖文比例等條文皆予以保留，經衛環委員會兩黨召委協議，裁示本週續審，冀能將法案送出委員會。
