這一段地下情讓蔣經國愛得刻骨銘心，他一度以身為蔣委員長之子，無法做一個平常人自由自在生活而感到痛苦：「如慧弟能常時見面，則定能解悶。我不想名利，只想有自由呼吸，自由做人之可能。」對於無法與章亞若一起生活，他抱怨：「天下之事實在太不公道，為何不能使我滿足此小要求？雲弟如能同我在一起，則工作效力定可增加數倍。環境既然如此，惟有望雲弟幸福快樂。」一九四二年初，已懷上小蔣骨肉的章亞若自贛南前往桂林待產，此時蔣一度準備向妻子全盤吐實，並認真考慮兩人七年婚姻是否劃上句點，他所擔心的是兩個未成年子女孝文、孝章未來的生活與前途。三月一日，章在桂林生下一對雙胞胎，取名孝嚴、孝慈，五天後小蔣於贛南接此消息後，在當天日記裡寫下「心中喜極」四個字，並於兩星期後利用前往重慶公差的機會，途經桂林探視母子。眼見孩子日漸長大，章亞若對於名分的問題日益焦急，五月間她寫信給在桂林協助照料母子三人起居的小蔣舊部桂昌宗，表示內心之痛苦已到了極點。在贛南的小蔣讀到此信後，自記「心中有不安之深感」。不幸的是，章亞若於該年夏天突然亡故，其死因無確切的答案，成了一樁懸案，有傳聞指她遭到小蔣身旁「護主心切」、具有特務工作背景的僚屬所殺害，亦有稱她確實是病死而非遭到謀害，至今真相依然無解。
微妙的是，檢視蔣經國一九四二年日記原件，原本極可能記載他數次停留桂林的活動情形，以及該年八月章亞若去世前後數十天的相關頁數，如今卻不見蹤影。一九五四年十月間，小蔣曾在該（一九四二）年日記本首頁補記如下一段話：「翻閱舊日記，發現卅與卅一年之日記中，被人偷撕甚多，實為奇事，可能於卅八年侍父至馬公時被偷。因抗戰期間之日記六本，當時曾帶在身邊，置於一箱中，並未加鎖，而且曾有一次奉命赴廈門公差，離馬公寓所有二天之久，想必於此時被偷。雖已不記得其中所記為何事，但決無愧心事，故於心亦甚安也。」同月底，小蔣又有如下一段不尋常記載，否認孝嚴、孝慈為其庶出，而是已故摯友、贛南時期上猶縣長王繼春與章亞若所生：「繼春為人忠厚，生活樸素，為一最難得之幹部，他在生時曾與章姓女相識，未婚而生孿子，當在桂林生產時，余曾代為在醫院作保人，後來竟有人誤傳此孿子為余所出，後來章姓女病故，現此二孩已十有餘歲，為念亡友之情，余仍維持他們之生活，並望他們有如其父一樣的忠心，為人群服務。」
五○年代的蔣經國已居國民黨權力接班梯隊之林，在內外政敵環伺下，他絕無可能讓早年這段無疾而終的婚外情，成為其政治事業更上一層樓之阻礙。除此之外，小蔣也無法不考慮父親蔣介石對此事的觀感，因而必須矢口否認他與章亞若這段往事，在日記裡撒謊。儘管如此，真相終究無法被永久遮掩，早在八○年代中期，華府外交與情報圈即認定這對雙胞胎確為蔣經國所生。蔣經國去世後，其子孝武、孝勇也逐漸接受父親早年外遇生子此一事實。一九四九年後這對雙胞胎兄弟輾轉來台，儘管從未被父親公開接納，卻依然在刻苦環境中力爭上游，日後分別在學、政界有所成就。一九九四年底，章孝慈於東吳大學校長任內訪問北京時，因腦溢血中風陷入昏迷，一年之後辭世；蔣孝嚴則自九○年代起活躍於政壇，經歷諸多黨政要職，其子蔣萬安在二○一六年踏入政壇後，亦被視為台灣政壇的明日之星。
