1945年8月，美國在日本的廣島市、長崎市分別投下兩顆原子彈，迫使日本宣布無條件投降後，二次世界大戰終告結束。但事實上，在投下原子彈的幾個禮拜前，長崎市根本就不在美國的目標名單中。排在名單上首位的是日本的文化古城：京都。
The man who saved Kyoto from the atomic bomb http://t.co/wYvLsAOYh9 so #Nagasaki got on the list instead
— kriszta satori (@fulelo) 2015 8月 9日杜魯門讓京都倖免於難
「對美國軍方來說，京都是個理想的目標，因為還未受過轟炸，當時許多日本產業已移往京都，重要的工廠也大都在那兒。」史蒂文斯理工學院（Stevens Institute of Technology）的科學歷史學家威爾史汀（Alex Wellerstein）說道。
日本多所大學座落於京都也是美軍對其虎視眈眈的另一個原因。他們認為，在京都投下原子彈，會讓人們領悟，原子彈不只是「另一種武器」，也是人類歷史上的轉折點。
1945年6月初，美國的戰爭部長（Secretary of War）史汀生（Henry L. Stimson）堅持將京都從目標名單上移除，因他認為京都在文化上有其重要性，且該地並非重要軍事目標。但這個主張沒有馬上被軍方採用，直到史汀生直接找上當時的總統杜魯門（Henry Truman），京都才倖免於難。
不過，史汀生的主張似乎難以令人完全信服，因為廣島和長崎也有不少文化資產，也都不是軍事要地。威爾史汀認為，史汀生堅持不要轟炸京都，是出於個人因素，「其他理由都只是為了將其合理化。」
據說，史汀生曾在1920年代多次造訪京都，部分歷史學家稱，史汀生與其妻子的度蜜月地點正是京都，且他對日本文化深深著迷。
京都逃過一劫後，美軍本來打算將原子彈投在小倉市（Kokura），但因當時天候不佳，才轉往長崎。
日本歷史學家：都是美國的戰後宣傳
除了史汀生之外，也有人認為美國考古學家、藝術史學家華納（Langdon Warner）才是真正讓京都逃過一劫的人，京都和鐮倉甚至還設有華納的紀念碑。
但日本的歷史學家吉田守男（Morio Yoshida）認為，類似的說法都只是美國在戰後的宣傳，方便佔領日本。「任何說法，只要可以使日本人相信『美國是在乎日本的』，不管是在乎日本人民還是文化資產，對美國來說都是好事。」
事實上，杜魯門不僅不在乎日本的文化資產，還說日本在戰爭中是個「非常殘忍、野蠻的國家」，日本人都是「野獸」。也因為日本偷襲珍珠港（Pearl Harbour），他們不配獲得榮譽與同情。
杜魯門這番言論也讓許多人推測，美國選擇在日本而非德國投下原子彈，可能和種族主義有關。和日本人相比，美國更忌諱用原子彈轟炸同是白種人的德國。
原本不只2顆原子彈？
因為「決定」對日本投下原子彈，杜魯門在歷史上毀譽參半。許多歷史學家認為，杜魯門約在8月3日左右下令可使用原子彈，但並未參與其細節的決策過程。威爾史汀說，紀錄片中顯示，在廣島投下第1顆原子彈「小男孩」（Little Boy）後，杜魯門對其威力感到非常震驚，尤其是造成許多婦孺傷亡。3天後，在長崎投下的原子彈「胖男人」（Fat Man）威力更是勝過「小男孩」。
領導原子彈的「目標委員會」（Target Committee）的格羅夫斯（Leslie Groves）將軍在7月19日寄出的一封信裡寫道，他希望至少對日本投下2顆原子彈，最多4顆。威爾史汀認為：「你可以說，格羅夫斯是因為個人因素，才用了兩種不同規模的原子彈。」 （相關報導： 長崎原爆70年》生還者：與死亡擦肩而過，在病痛中掙扎終生 ｜ 更多文章 ）
一般認為，若日本沒有在8月15日宣布無條件投降，8月19日很可能遭到第3顆原子彈轟炸，地點則可能是皇居的所在地──東京。儘管原子彈讓廣島和長崎成為人間煉獄，但若遭到轟炸的是京都或東京，日本人可能將更無法接受。
