吳子深1972年5月24日病逝於台北宏恩醫院，以79高齡盍然長逝，一代大師，貧富兩忘，筆墨相伴。其有關藝術醫藥的著述，有根據《天文臺》報發表的文章，另加自行整輯，1958年3月由上海印書館出版的《客窗隨筆》，包括文藝篇、醫藥篇各1卷。《蘭竹譜》1卷，內有蘭竹樹石圖片40幅。又《時診小論》1卷。及晚年在臺灣出版有中、英、法、日4國文字新版《吳子深畫譜》1卷，尚有甚多詩文論畫論醫手稿，積存書齋，尚未成書。
在山水畫方面，吳子深以古人為師。學畫者必須要從古人開始，練就一身深厚的繪畫功力，中國畫的學習要從臨摹開始，但是對於臨本的選擇是很重要的一件事，選擇得好，可以起到事半功倍的效果，選擇得不好，影響學習者的積極性，而且還浪費時間，所以應當是取法乎上。吳子深無疑是取法乎上的，他一開始就師南宗的董源，往近的是取得董其昌的繪畫，這兩個人都是南宗山水的大名家，這也使得他的筆墨清秀，竹石師文同，偃仰疏密，合乎法度。
除了山水，吳子深畫的蘭、竹也非常有名。葉公超評論道：「子深畫蘭，遠師趙子固，不落卑近之體；寫竹凝重有骨，錚錚然戛枝勁葉，如聞紙上之聲。元人以後蓋亦無所取法，而生平致力山水最深，今閱此冊，清奇鬱勃，格遠易高，董其昌論畫云：『朝起看雲氣變化，可收入筆端，吾當行洞庭湖，推蓬曠望，儼然米家戲墨』子深於此，可謂能嗣其奧秘者矣。」易君左在〈吳子深畫竹〉文中說：「近來在香港看畫竹子的人，只有兩位：一是陳芷町兄，ㄧ位是吳子深兄，芷町最妙的是醉竹，就是他在喝醉了的時候所寫的竹，滿紙充滿竹韻酒香，芷町最近送林靄民兄的一幅，可擬東坡。子深的眼界本來不凡，畫蘭竹更是自負。有人對文徵明的畫竹表示讚美的，吳子深說：文雖專師趙吳興，然寫竹則僅窺門牆而已。他在寫竹的歷史上下了一番苦功夫，把歷史上寫竹名家的精華，像他替病人看脈的那樣精密地處理，而他又是一位詩人，所以他的畫竹自然與人不同，有時獨創了許多空靈的意境和神妙的筆觸。」
吳子深認為「文人畫法與繪事家，雖同是以筆墨敷物像形，而懷抱各殊，作品亦不相同。蓋自顧虎頭王摩詰，宋之董巨二米三趙，及元代之高趙黃王倪吳。明之文沈。清初之四王惲吳，皆胸羅卷軸，德學兼備，偶然涉筆，雲峯煙樹，全是天真。所謂藉筆墨以攄發性情者，不可以跡象求也。……至於繪事家，則專以形象取勝，稍遜游行自在之樂，當非吾輩所尙。」吳子深的書畫養成，雖是以古為尚，但卻不拘泥於古法而時時參以己意，也就是說，吳子深重視以古法為根基，要後學習書學畫必須從古人入手，習之久後，心得自成，然後「自然忘放」，因此他說：「予意初學，固宜如此，習之已久，不妨任意揮灑，若拘定規範，不免為法所拘。」吳子深晚期在台的好友李漁叔說：「子深之畫，墨蘭承宋元遺法，用筆凝練，功力至深。墨竹出入王孟端、夏仲昭之間，識者謂子深畫竹為300年來1人，殆篤論也。山水樹石得筆於董香光，上追黃鶴山樵以窺趙承旨，精心獨運，明潔簡妙，鬱為奇致，蕩為古馨，久而一片神行，悉泯筆墨痕跡。」可說至評。
