儘管慘遭失敗，興中會挺住了，迅即恢復其革命活動。一九○一至一九○四年間，中國陸續出現新的革命組織。一九○五年，許多革命組織在東京合併組成「中國革命同盟會」，通稱「同盟會」。孫逸仙在同盟會機關報《民報》上，以同盟會總理的身分發布激進的政治綱領—民族主義、民權主義和民生主義，合稱「三民主義」。
所謂民族主義，孫逸仙指的是推翻滿清。民權主義是建立共和。民生主義即平均地權，也就是為了強化國家在中國經濟的規範角色，要將中國的基本生活工具收歸國有。孫逸仙的政治綱領保證國家在經濟方面的首要任務，即是針對寡頭資本主義，因為寡頭資本主義只為已經居於頂端的人士創造條件獨佔財富。他打算運用國家力量促進中產階級在中國發展。孫逸仙支持土地稅採累進制，以加速創造有平等機會的「公義社會」。
這時候，華北出現另一樁針對「長毛洋鬼子」的農民暴動。這場暴動由秘密社團「義和拳」率領。義和拳成員大部分為練武術的人員，他們和小刀會成員一樣，認為氣功和武術加上神奇的巫術，會使他們刀槍不入，不畏敵人的槍彈、砲彈和尖刀。他們的格鬥方式很特殊，因此最先和他們幹架的洋人稱他們為Boxer(拳匪)。暴亂於一八九八年始於山東和直隸省。一九○○年六月十三日，亂民佔領京城北京，洗劫富商住宅區、火燒數以千計的房子，並包圍外國使館區。他們的怒火主要針對傳教士及中國人基督教徒。
慈禧太后出人意表，竟然支持義和拳作亂。有一則故事說，她決定要進行實驗，邀了一群「刀槍不入」的奇人異士到紫禁城。在她一聲令下，禁衛隊把拳勇請到牆邊列隊，朝他們開槍。這些拳勇果真是毫髮無傷。慈禧太后大為懾服，遂於一九○○年六月二十一日向全世界各國宣戰。
然而，奇蹟撐不了太久。八國聯軍擊潰拳勇和清軍。中國政府被迫於一九○一年九月七日在北京簽署一項不平等條約，承諾在未來三十九年支付共計四億五千萬兩銀子的賠償，它相當於當時的三億零一百五十萬美國金元。中國部隊必須撤出北京，外國部隊卻入駐中國京城。因此，二十世紀之初的中國在經濟上完全淪於列強的掌控之下，政治上也部分淪為列強的附屬地位。外國商人主宰了中國市場。中華帝國在國際分工上淪為三等地位。中國對帝國主義列強的依賴性在往後十年有增無減。到了一九一二年，中國的國債高達八億三千五百萬兩銀子。此時，開放給洋人的條約口岸有一百零七個。社會、政治危機益加深刻。
一九○一年，拳亂敉平之後，滿清重新啟動改革。朝廷開始討論引進憲法的可能性，採取措施鼓勵民間創業，並籌練一支能夠打仗的新軍(下轄三十六鎮)。改革運動如火如荼推動之際，一直遭軟禁、未曾重獲自由的光緒皇帝於一九○八年十一月十四日去世，比起權力飢渴的姨母慈禧太后的去世，僅只早了一天。
