吳其昌晚年，他的研究轉向結合抗戰形勢，「以史為鑒」，側重於邊政史及東亞史，民族的融合演變，為了加強這方面的研究，他還呼籲大學歷史系設「東亞史」課程，並籌畫成立東亞史研究會。民國以前早已有籌邊的政論文章，但無研究邊政的專門學問。九一八事變後，學者們開始注意邊疆問題的研究，並向國人介紹邊疆情況，來喚醒國人的民族危機感。抗戰爆發後，政府西遷，對於邊疆研究尤其重視。二十世紀四○年代，一門研究邊疆政治的新學科——邊政學應運而生。一九四一年九月廿九日，中國邊政學會在重慶召開成立大會，到會者有邊政學會會員及有關機構的代表六十餘人參加。一九四一年成立到一九四七年間，一直由吳忠信擔任理事長，學會大量發展會員，蒙藏委員會的職員全部入會，聲勢頗為興盛。民族學家、社會學家徐益棠、凌純聲、吳澤霖、顧頡剛、芮逸夫、衛惠林、馬長壽、吳文藻、周昆田、張廷休、張中微等都是邊政學會的重要成員。一九四一年八月十日，邊政學會創辦了《邊政公論》。《邊政公論》研究的範圍主要是邊疆和民族兩部分，每月出版一期，至 一九四八年十二月停刊，共發行了七卷四期，是當時較有影響的邊政研究刊物。吳其昌在《邊政公論》創刊號發表〈秦以前華族與邊裔民族關係的借鑑〉一文開始，先後在該刊又發表〈兩漢邊政的借鑑〉、〈魏晉六朝邊政的借鑑〉和〈隨唐邊政之借鑑〉諸文。吳其昌原本是要寫成《歷代邊政借鑑》一書的，上述這四篇論文，都是其中重要的內容，可惜後來因吳氏逝世而未竟全功！
吳其昌對於邊政的理解，是指「靖邊或治邊之政策」，主要是指中原族群政治力量或王朝對邊疆民族的政策，尤其側重民族關係的觀察。他把歷代邊政發展脈絡進行縱向的梳理，體現了歷代邊政實踐、認識的延續與嬗變。他將地理、政治、經濟、文化、血緣、生活方式、心理多維因素進行立體式的綜合分析。學者段金明在研究吳其昌邊疆民族的觀點上總結說：「吳其昌的學術轉向及其關於歷代邊政認識、政策的探討，雖然或許在內容的表向上呈現得並不豐厚，但其研究所蘊藏的歷史意涵卻較於久遠。緣於在甲骨文、訓詁及文獻等多方面的深厚積累，吳其昌對相關問題的探討深刻、精煉，對歷代邊政的總結自樹一幟，值得深入探討。吳其昌關於邊疆民族研究所體現出的貫通與整體視野，亦是今天邊疆民族研究重要的治學路徑。」
上世紀二十年代末，陳寅恪曾向輔仁大學校長陳垣推薦吳其昌任教，推薦信曰：「吳君其昌，清華研究院高才生。……吳君學問必能勝任教職，如其不能勝任，則寅恪甘坐濫保之罪。」以清華國學院四大導師之一，被稱為「教授中之教授」的陳寅恪都如此讚許，可見其學識之一斑！
而其女兒吳令華在總結吳其昌的學術成就說：「以他短短不滿四十年的生命，從十九歲發表第一篇學術論文算起，治學生涯最多二十一年，後七年又值國家危難關頭，個人疾病纏身，而堅持完成了古文字、古音韻、上古社會政治、田制史、歷代邊政、地理、宋元明清哲學史等論著一百八十餘萬字，抗日救國文章數十萬字。其勤其力，可以想見。」確是不凡！
＊作者蔡登山為文史作家，曾製作及編劇《作家身影》紀錄片，完成魯迅、周作人、郁達夫、徐志摩、朱自清、老舍、冰心、沈從文、巴金、曹禺、蕭乾、張愛玲諸人之傳記影像，開探索作家心靈風氣之先。本文選自《吳其昌文存》（新銳文創）序文。
