1918年3月，他受段祺瑞指使在北京安福胡同組織俱樂部，操縱新國會選舉。8月，當選為新國會議員，出任國務院秘書。10月，任交通部次長兼國有鐵路督辦。1919年12月，任靳雲鵬內閣交通總長。次年7月，直皖戰爭爆發，皖系失敗，曾毓雋被通緝，逃進日本使館，後轉道日本返天津租界居住。1923年曾毓雋正圖謀東山再起，為了控制全國海軍，該年4月8日他通過弟弟曾以鼎，花錢策動「海籌」等艦在上海搞「滬隊獨立」，推親皖系的林建章為海軍處領袖，而立之年的曾以鼎也一躍成為掌握實權的參謀長。他們反對直系軍閥「武力統一」全國的政策，主張「聯省自治」。雖然當時孫中山反對各省借「自治」而割據，但孫中山主張和平統一，因此對「滬隊獨立」還是表示歡迎的。曾毓雋因此對孫中山深有好感。可是「滬隊」不久又倒戈，使皖系再次敗於直系。
總而言之，曾毓雋是段祺瑞最早的主要幕僚，他見證而且參與了段祺瑞「三造共和」、「武力統一」和東山再起等等歷程，他為皖系的發展和壯大也費盡心機。他的《回憶錄》詳細地記載這些珍貴的史料，以親身經歷為整個北洋政府的興衰、分裂、爭鬥記上一筆，許多內幕當是非身歷其境的人所不知的，這也是這些材料的珍貴處。曾毓雋在政治上，他四處奔走，合縱連橫，是段祺瑞的「行秘書」。在財政上，他蒐羅鉅款，供養皖軍，是段派的「大財神」。關這兩者對段祺瑞而言，就有他人無可取代的地位。
曾毓雋雖一生可記之事不少，但卻沒有留下太多的回憶資料，目前筆者所編的《曾毓雋回憶錄》，已是蒐集到僅有的〈宦海沉浮錄〉、〈憶語隨筆1〉、〈憶語隨筆2〉的文字了。〈宦海沉浮錄〉原名為《六十年之回顧》，是他晚年回憶錄，原雜於張國淦遺稿之中，應該是張國淦抄錄之副本，後經整理刊於《近代史資料》 總68號（中國社科院近代史研究所第19-56頁），另又有〈憶語隨筆1〉、〈憶語隨筆2〉兩篇文字分別刊於《文史資料選輯》第41輯（內部發行），（北京：中華書局出版1963年，第20-32頁）及《文史資料選輯》第25輯（總125），（北京：中國文史出版社，1991年，第98-115頁）。這些文字有些許內容重複，詳略不一，今皆照原文予與保留，不加刪改，唯段落較長而不易閱讀者，加以分段。另筆者又於香港《春秋》雜誌找到筆名「花寫影」者，曾在1923年間在天津訪問過曾毓雋，作者說當時其弟曾以鼎方任艦隊司令，而此文於六十年後才發表，其中談及袁世凱、徐世昌、段祺瑞、張謇等人之事蹟，亦多可觀之史料也，可視為曾毓雋之「口述歷史」，而可與他的〈宦海沉浮錄〉相互對照也，也收錄於本書，這是有關曾毓雋回憶錄的首次出版，彌足珍貴的史料。曾毓雋之重要性是研究段祺瑞甚至北洋軍閥的，絕對繞不過他的。因此他的《回憶錄》雖然是薄薄地一本，但卻有其相當的份量。
