以最近申請退休的前農金局局長許維文為例，許因為在2014年參加農業金庫在北港燈會舉辦活動，因為當天同台的還有國民黨縣長候選人張麗善，被立委蘇治芬認為許違反文官中立，一狀告到監察院，民進黨執政後，蘇治芬從此盯上了農金局業務，不斷批評農委會的農漁會總幹事評鑑制度有問題，也批評農委會提供農漁會信用部農業政策貸款2.9%的補助，形同是補助農漁會，去年底甚至在審查農金局預算時，提案刪除農金局局長特支費。
除此之外，台灣去年底開放日本和牛進口，一口氣開放29家日本牛肉業者進口，開放過程同樣也被外界懷疑有政治力介入。
台灣肉品業者表示，馬政府時代，前總統馬英九和日本首相安倍二人，其實話不投機，但台日經貿關係卻是在馬政府時代有最大進展，包括台日投資協議與台日漁業協議，對於日本的相關要求，馬政府不會照單全收，但民進黨政府因為與日本政府關係密切，對日方釋出的善意，卻常常讓台灣廠商有開放過頭的感覺。
29家日本和牛申請進口 農委會竟然全數開放
以和牛為例，日本與美國都是狂牛症疫區，對於日本牛肉，美國僅開放10家肉品出口廠商；去年台灣研議開放日本和牛進口，當時國內肉品業者原本預期，食藥署與農委會會比照美國的作法，僅開放5-10家日本牛肉工廠輸台，沒想到，日本29家廠商向食藥署提出申請，食藥署與農委會到日本當地會勘後，後來通過的系統性查核核准進口名單，竟然是29家全數通過。
食藥署官員解釋，食藥署當初與農委會進行系統性查核，確定日本管理體系所監督牛肉工廠，可以符合肉品輸台要求條件，上述工廠均為日本厚生勞動省核准註冊工廠，官員強調，日本牛肉輸台，和美國加拿大牛肉進口模式不同，台美與台加係透過雙邊簽署協定方式管理。
肉品業者分析，台灣目前進口牛肉，佔整體市場供應量95%，食藥署與農委會竟然一次開放29家日本和牛進口，已經對台灣肉品市場產生衝擊，尤其是和牛的肉品等級，在日本有相對嚴謹的分級規範，必須符合一定飼養條件，如今台灣到處都吃得到和牛，品質卻參差不齊。
對於台灣蜜棗銷日，先前在日本檢疫發生問題，農委會官員強調，上述問題主要係開放初期，台日雙邊的農檢單位在檢疫標準上「尚待磨合」，防檢局強調，銷日蜜棗並沒有發生任何問題。
