民進黨重新執政後，台日關係明顯升溫，綠營政治人物日本考察絡繹於途，台灣蜜棗、高麗菜最近成功銷日，日本農產品，除了和牛開放進口外，接著核災區食品未來配合台灣加入CPTPP（跨太平洋夥伴全面進展協定），很可能配合開放，台日雙方在農業交流議題，檯面上給足了面子，檯面下卻苦了底下的技術官僚，從綠營執政迄今，農委會12個局處一級主管，已經有11個異動，成為政黨輪替的重災區。
民進黨政府與日本安倍政府意識形態接近，雙方關係友好，其實並不算新聞，台灣在2011年大地震對日本的慷慨捐輸，更讓日本從官方到民間都感念在心，為了鞏固雙邊策略夥伴關係，台日兩國最近在農業政策上，給予對方明顯讓步，雙方緊密關係不言可諭。
今年三月，高雄市長陳菊與農委會主委林聰賢，連袂出席日本東京食品展，為台灣南部蜜棗首度成功銷日站台，林聰賢的臉書上寫到，「這顆大到讓日本人以為是青蘋果的蜜棗，是我們農委會高雄農改場所改良的品種，從現在起，在日本海老名高速公路休息站也品嘗的到。為了這一天，我們台灣和日本談了7年半，最主要關鍵是日本要求的檢疫條件。」
說服日本開放台灣鮮果進口 農委會檢疫處承擔成敗責任
林聰賢所提及的「檢疫條件」，主要是因為台灣是東方果實蠅疫區，日方對台灣生鮮果實的檢疫要求嚴謹，日方先前係以台灣在國際文獻中列為「番石榴果實蠅」疫區為由禁止台灣水果進口，為了證明台灣蜜棗並無病蟲害問題，農委會方面花了很多功夫說服日方，終於在去年底獲得日方同意進口。
由於農產品解禁，必須由二國農政單位共同把關，不過為了讓綠營高層能夠趕上3月初東京食品展，農委會防檢局承受頗大壓力，尷尬的是，先前通過台灣檢疫單位檢驗的3批蜜棗，出口日本後，卻有一批一度檢疫有問題，讓農委會大為緊張。
農委會官員表示，日本之所以開放台灣蜜棗銷日，台日人民感情因素扮演頗關鍵因素，但是日本農產品消費是全球最嚴苛的市場，進口農產品只要發現有一批未達檢疫標準，做法上一定是整批銷毀，駐日代表處為了拚業績，要檢疫單位承擔農產品銷日成敗重責，已經讓防檢局部分官員萌生倦意、提前退休。
補助農會引綠委不滿 農金局局長申請退休
一位最近申請退休的農委會官員表示，農委會在民進黨上台後，從核災食品進口、農田水利會改制、農漁會改選、禽流感等議題，有不少政策和原本的農業體制有所衝撞，第一線的高階文官，在執行改革政策的同時，常常被綠營點名需要「被改革」，因此在2016年綠營執政後，12個局處首長竟然有11個發生異動。
以最近申請退休的前農金局局長許維文為例，許因為在2014年參加農業金庫在北港燈會舉辦活動，因為當天同台的還有國民黨縣長候選人張麗善，被立委蘇治芬認為許違反文官中立，一狀告到監察院，民進黨執政後，蘇治芬從此盯上了農金局業務，不斷批評農委會的農漁會總幹事評鑑制度有問題，也批評農委會提供農漁會信用部農業政策貸款2.9%的補助，形同是補助農漁會，去年底甚至在審查農金局預算時，提案刪除農金局局長特支費。
除此之外，台灣去年底開放日本和牛進口，一口氣開放29家日本牛肉業者進口，開放過程同樣也被外界懷疑有政治力介入。
台灣肉品業者表示，馬政府時代，前總統馬英九和日本首相安倍二人，其實話不投機，但台日經貿關係卻是在馬政府時代有最大進展，包括台日投資協議與台日漁業協議，對於日本的相關要求，馬政府不會照單全收，但民進黨政府因為與日本政府關係密切，對日方釋出的善意，卻常常讓台灣廠商有開放過頭的感覺。
29家日本和牛申請進口 農委會竟然全數開放
以和牛為例，日本與美國都是狂牛症疫區，對於日本牛肉，美國僅開放10家肉品出口廠商；去年台灣研議開放日本和牛進口，當時國內肉品業者原本預期，食藥署與農委會會比照美國的作法，僅開放5-10家日本牛肉工廠輸台，沒想到，日本29家廠商向食藥署提出申請，食藥署與農委會到日本當地會勘後，後來通過的系統性查核核准進口名單，竟然是29家全數通過。
食藥署官員解釋，食藥署當初與農委會進行系統性查核，確定日本管理體系所監督牛肉工廠，可以符合肉品輸台要求條件，上述工廠均為日本厚生勞動省核准註冊工廠，官員強調，日本牛肉輸台，和美國加拿大牛肉進口模式不同，台美與台加係透過雙邊簽署協定方式管理。
肉品業者分析，台灣目前進口牛肉，佔整體市場供應量95%，食藥署與農委會竟然一次開放29家日本和牛進口，已經對台灣肉品市場產生衝擊，尤其是和牛的肉品等級，在日本有相對嚴謹的分級規範，必須符合一定飼養條件，如今台灣到處都吃得到和牛，品質卻參差不齊。
對於台灣蜜棗銷日，先前在日本檢疫發生問題，農委會官員強調，上述問題主要係開放初期，台日雙邊的農檢單位在檢疫標準上「尚待磨合」，防檢局強調，銷日蜜棗並沒有發生任何問題。
