為了完備科學園區土地使用法制，科技部決定參照《產創條例》，訂定閒置廠房退場機制，新法上路後，若進駐廠商因為所屬產業沒落，經營不善導致廠房閒置比率達一定比率者，園區管理局將給予2年移轉緩衝期，但移轉對象僅限於符合科學園區進駐之業別，2年後若未移轉給其他廠商使用，將逕行強制拍賣，科技部強調，「強制拍賣」條文訂定目的，係為提高園區使用效率，並不是要剝奪廠商之財產權，希望未來新法上路後「備而不用」。
陳良基：科學園區轉型，非製造業、軟體業進駐
事實上，科技部本次修改《園區設管條例》，在台灣產業轉型的今天，其實頗有對岸「騰籠換鳥」的味道，陳良基年終記者會上表示，為了導正過去科學園區強調工業製造，把軟硬體切開來，在台灣經濟轉型過程，科學園區也要適當轉型，讓非製造業與軟體產業得以進駐，達成台灣軟硬整合的轉型。因此，《科學工業園區設置管理條例》，在本次修法，將正式把「工業」二字拿掉。
根據《園區設管條例施行細則》，目前申請進駐科學園區廠商，必須符合連續3年研發經費占營業額比率，達全國製造業平均值2倍以上；進駐園區所投資之研究實驗儀器設備之投資金額，必須達總投資額之10%。科技部官員表示，由於《園區設管條例》所訂定廠商進駐標準，仍然是從工業思維角度出發，因此本次修法，除了法規名稱將「工業」二字拿掉外，相關規範也必須全盤調整。
