更誇張的是，監委提出的合約疏失中，原本契約草案中要求得標廠商應研擬「基地安全監控執行計畫、緊急事故發生應變措施及通報市府系統與方法」，但該條文竟被刪除，取消原定應由施工單位負責履約事項，且影響基地及人員安全；更離譜的是，連營運績效評估內容，原屬市府監督權限，竟然也改由「雙方協商訂定」；且在修改的合約中將北市府進入大巨蛋基地監督營運，增列「不影響乙方營運、由乙方陪同」的限制條件，自行弱化市府監督機制；甚至還刪除了遠雄應擬訂停車管制及環境管理計畫。
尤其令監委們不滿的是，這份大幅修改後的「興建營運契約」，竟然刪除了「應以附屬事業之盈餘填補體育場館營運虧損」，明顯切割遠雄在該松菸基地興建的附屬事業對體育場館的財務支援。亦即依該契約，不管未來遠雄在松菸興建的商場、電影院、飯店等大賺錢，也不需支應大巨蛋館的營運虧損。市府幕僚直指此條款根本就是讓遠雄利用大巨蛋工程取得在周邊興建商場等設施後，未來可以完全不顧大巨蛋的營運績效。監委更質疑，政府容許民間機構經營不具公益性之「附屬事業」，主要為支撐公共建設本業的營運，但此一條文「不僅增加公共建設本業營運風險，且違反政府促進民間參與公共建設之意旨」。
另外，雙方因不可抗力而終止契約，遠雄將剩餘資產移轉給市府繼續興建或營運時，原公告契約內容是「無償移轉」，但簽約時竟改為「鑑價移轉」，且鑑價費用由雙方負擔，又增加了遠雄和市府談判的籌碼。
