尤其是新光、國泰、亞東等醫療財團醫院，更覺得這次《醫療法》修法，是「天外飛來的橫禍」，他們擔心《醫療法》限制家族企業與捐助醫院之間交叉投資，與董監事相互指派，可能會弱化企業集團的控股。
據了解，台塑集團雖然是修法的最大苦主，但台塑二房、三房與王文淵體系，對於台塑四寶等公司持股畢竟仍有一定比率，因此，《醫療法》修法還不至於傷到台塑王家對台塑集團的經營權。
醫院、私校持股比例高 醫療法修法遠東集團恐成最大苦主
不過，遠東徐旭東家族透過家族捐贈醫院、私校與公益基金會，對集團企業的財務槓桿，比台塑、新光集團還要高出甚多，以遠東新（遠紡）為例，前10大股東，除了第一大股東亞泥23.77%持股後， 亞東技術學院、徐元智醫藥基金會（亞東醫院）、徐元智紀念基金會、元智大學，分別是遠東新第二到第五大股東，合計持股比率高達14.36%，比徐旭東個人持股1.71%還要高。
同樣地，遠東集團其他企業，包括亞泥、遠百等，同樣是由集團企業與集團捐助醫院、私校所轉投資控股，排除掉遠東新與遠百對亞泥股權後，亞東醫院、元智大學合計6.81%持股，也比徐旭東家族的裕元投資股權1.29%股權要高出許多。
類似情況也發生在新光醫院身上，新光集團的新光紡織，最大股東雖然是新光合纖（持股比率9.46%），但新光醫院持股8.71%高居第二大股東；新光醫院對新光保全持股比率達4.22%，股權僅次於日商GM投資株式會社（9.23%）與吳東進(5.41%)。
據了解，國內捐贈醫療財團法人的企業家族，對於衛福部在長庚急診室事件後，準備透過《醫療法》修法，把手伸進醫院董事會，都非常擔心。
質疑公益監察人制度 醫界憂衛福部恐面臨關說
台灣私立醫療院所協會秘書長吳明彥日前在一場《醫療法》座談會上，就對公益監察人與勞工董事部分表達擔憂，吳明彥表示，私立學校與醫院同樣是財團法人，公益監察人制度目前《私校法》已有訂定，但如果這項制度這麼好，為何公立醫院不優先適用？
吳明彥同時質疑，《私校法》對於董事長任期，並沒有連任的限制，目前包括《人團法》與研議中的《財團法人法》，對董事長任期也沒有予以限制，醫療財團法人董事會如果真的人謀不臧，主管機關衛福部大可以撤銷董事資格，甚至勒令解散，「公益監察人好歹要懂醫療，不能隨便派阿貓、阿狗說要來監督，日後規定倉促上路，衛福部一定會面臨立委關說，因為這是由衛福部指派的。」
舉例育兒百寶箱、食藥署實驗室 醫師質疑衛福部監督能力
事實上，醫界對於衛福部透過行政手段，介入醫療財團法人，並非全然贊成，前台大醫院副院長王明鉅就多次質疑，衛福部自己端出的政策，包括前瞻基礎建設的育兒百寶箱與食藥署的50億元國家級實驗室，都不乏肉桶政治成分，實在沒有資格對於經營績效較好的私立財團法人醫院下指導棋。
