除了淹沒森林，水電站還讓本已破碎的大象棲息地更加碎片化。水庫蓄水導致勐養保護區去勐海縣的象群無法返回原來的棲息地。勐海以前沒有發生過人象沖突，但水電站建起後，發生多起大象傷人事故。
屬於華能國際集團的景洪水電站曾進行環保測評。據中國媒體的公開新聞報道，西雙版納州環保局2012年2月下旬介紹，環境保護部組織西南環境保護督查中心、雲南省環保廳、西雙版納州環保局、西雙版納國家級自然保護局和納板河國家級自然保護局等15個部門代表和專家，組成驗收組對瀾滄江景洪水電站進行竣工環境保護驗收。
對此，西雙版納國家級自然保護區科學研究所所長郭賢明表示："在修水電站之前，是有亞洲象過江的行為，這是事實，電站建起來以後，象過江的現象也沒有發現過。"有環保組織對此質疑稱，這跟亞洲象研究專家對當時驗收組說的話是相反的。對此質疑，郭賢明表示："景洪水電站當時的環保測評並沒有詢問過我們（保護區）的意見。"但郭賢明強調，景洪水電站並不在保護區的範圍內，保護區對此也沒有管轄權。
來自國家林業局的組織機構管理示意圖顯示，雲南省人民政府和國家林業局為最高管理機構，下屬雲南省林業廳和西雙版納傣族自治州人民政府，而西雙版納國家級自然保護區管理局為這兩家機構直接管理的下屬單位，保護區管理局與西雙版納州林業局平行，保護區管理局下屬單位為保護區管理所科研所，再下屬為保護區管理站。
此外，屬於港股上市公司華潤電力的回龍山水電站，於2015年10月開工，據環保組織自然之友實地勘查，蓄水區兩岸海拔660米以下的植被都已經被"清庫"。清庫使是指將電站水庫蓄水位以下的森林砍伐清理，以防止林木日後被河流沖刷而下，損壞大壩壩體。
事實上，早在2003年的保護區規劃中，鑑於各自保護區之間分割以及主要保護對象的棲息地減少的特點，不利於動物的季節性遷徙、覓食、尋偶和遺傳基因的交流，國家林業局甚至規劃了6條總面積為70.905公頃的生物走廊帶土地，保護區總投資1.18億元。
該規劃稱，雖然生物走廊帶不屬於保護區的面積範圍，但可以納入保護區的管理，在與當地社區或有關管理部門共同協商下，盡可能減少生物走廊帶內的人為活動，避免人工設施建設，使該地帶的植物逐漸向原生植被演替，最終連片成為野生動植物潛在的棲息地。
然而，二十年過去了，與建立這個生物走廊的初衷相反，野生亞洲象的棲息地反而更加破碎化。
這正是困局所在，保護區無權管轄歸屬於社區的土地，在發展地方經濟的和保護野生動物棲息地的矛盾下，這些集體林顯然是"燙手的山芋"，並最終被劃出了保護區的管轄範圍。
