不論是「太極鷹王」、或是「鳥王」的稱呼，都可看出屏科大保育所教授孫元勳的研究領域─鳥類；他不但愛鳥、研究鳥，而且專挑最難、最有挑戰性的鳥類作研究。
孫元勳說，他從小就喜歡野生動物，考大學時，分數上不了動物系，還曾特別寫信去問林務局，了解他們是否會研究野生動物，得到肯定的答案後，讓他大學選上中興森林系。但念了森林系又發現其實課程並沒有野生動物的課程，之後因為參加東海賞鳥社，就此一頭栽進鳥類研究。
孫元勳的研究喜歡挑難度高、挑戰性強鳥種，早期研究雁鴨中隱密性高的鴛鴦；還有夜行性、大部份鳥友賞鳥十多年都無緣一見的貓頭鷹─黃魚鴞─這是一種生活在深山、水質清澈的溪流、專以捕角為主食的鳥類。再來是被鳥友視為終極鳥種、位處深山峻嶺、難得一見的熊鷹─研究熊鷹、黑鳶等猛禽，加上精研太極，讓他被朋友稱為「太極鷹王」。
在研究熊鷹的過程中，他最大的感觸是：台灣野生動物保育最難的就是碰上文化上的衝突。他說，有些物種如因環境變化減少，這個因素反而容易控制，減少開發、儘量保持原生態即可；但如牽涉到居民的文化與利用，就最難解，這是他研究熊鷹時，感到最棘手的地方。
他說，在未作深入研究時，較難體會其中的衝突與問題，比較會如一般鳥友等，純粹站在物種的立場作思考。但作研究時，進入部落、與原住民接觸後，就比較能站在部落的立場了解體認此問題與他們的文化需求，立場會較平衡。他強調，雖然獵捕在法律上當然是非法，但有時不是我們漢人能去告訴他們，什麼能作什麼不能作，或許更應思考原住民的文化需求（或說是市場需求），與熊鷹的生態保育間要如何平衡。
孫元勳也是國內以雷達研究鳥類遷移的先驅，透過雷達，他追蹤也了解台灣最著名的遷移性猛禽赤腹鷹及灰面鵟鷹（舊稱灰面鷲、國慶鳥），離鄉南移與歸鄉北返的路線，並在《科學發展》雜誌上發表《野生動物保育：氣象雷達在猛禽遷移上的應用》。
