國安法規定在港成立「維護國家安全委員會」，接受中央監督和問責。委員會把特首、政務、財政和律政三司司長、保安局長、警務處長和負責國安的副處長、入境處長和海關關長等重要官員納入，成為實際上香港最高統治機構。財政司這個傳統上與安全關係較不密切的系統加入，意味著國安事務壓倒一切。
國安委員會的工作「不受香港特別行政區任何其他機構、組織和個人的干涉，工作信息不予公開。做出的決定不受司法覆核。」完全是黑箱作業，不受公眾監督，也不受法律限制。
中國國安、公安公然赴港執法
國安經費從政府一般收入中撥出專款支付，且相關開支與人員編製「不受香港特別行政區現行有關法律規定的限制」。這意味國安支出幾乎無上限，也毋需向立法會申請，只需要事後提交報告即可。
委員會中設有「國家安全事務顧問」，由中央指派，就香港「維護國家安全委員會履行職責相關事務提供意見」。國安顧問雖只是列席會議，但無疑是中央欽差大臣，有如「香港市黨委書記」。
隨後公布中聯辦主任駱惠寧兼任國安顧問，在法理上具體落實了此前備受爭議的中聯辦「監督權」。「西環治港」不但名正言順，還有具體的操作途徑──西環是中聯辦所在地區。
警務處成立專門的國安部門（類比港英時的政治部），由一名專門的警務副處長統領，而且「可從香港以外聘請合格的專門人員和技術人員，協助執行維護國家安全相關任務」。這個條文讓中國的國安、公安人員可光明正大地到香港執法。
已有傳言，中國擬以「觀察員」的名義，派駐武警常駐香港。以後港人示威「暴動」場合，見到中國公安執法或將成常態。
國安法不但要求律政司（類似台灣法務部）成立專門的國安訴訟團隊，還要求審判國安案件的法官從特首選定的名單中挑選。由於任期只有一年，因此如果法官「不符期望」就可能被特首換走。國安案件由三名法官審理，但可以不公開審理，也可以沒有陪審團。這些設計很大程度上保證了警、檢、法部門配合處理國安案件。
國安人員在香港「橫著走」
《港區國安法》規定，港人在參選或就任公職時，要簽署文件確認或宣誓擁護《基本法》、效忠香港特區。這等於把要求確認或宣誓效忠推廣到所有公職人員，包括選舉和公務員，甚至可能包括所有政府雇員。這給「取消資格」（DQ）和解雇不聽話的人提供方便。
新法要求香港加快為二十三條立法，進一步補充國安法未涵蓋的事項。除了打擊國安犯罪的公安層面，還要求特區政府對學校、社團、媒體和網絡「加強宣傳、指導、監督和管理」，並開展國家安全教育，提高港人的「國家安全意識和守法意識」。這意味著國安委員會的權力還將深入社會層面，要從教育、媒體、意識形態等方面對香港社會進行全面改造，讓香港步入「二次回歸」。
