朴子溪在朴子大橋和港口大橋間水域五月初布袋蓮孳生迅速，嚴重影響朴子溪水質環境，第五河川局雖有雇工清理但是杯水車薪成效有限，第五河川局和嘉義縣環保局會勘再想辦法清理，想不到端午節豪陣雨，把朴子溪布袋蓮沖到港口大橋至東石漁港，布袋蓮遇海水逐漸枯死，但是造成大量的布袋蓮垃圾阻塞水門，讓嘉義濱海養殖環境亮紅燈。
嘉義縣環保局多年獲得環保署表揚河川保育優等，其中嘉義縣主要河川朴子溪更是河川整治有成，朴子溪河口獲得內政部列入國家重要濕地，也是台灣重要牡蠣養殖區，但是最近天氣水質變化大，除了有魚群大量死亡獲得環保局重視處理；從朴子大橋至港口大橋間約1０公里感潮帶水域，布袋蓮繁殖迅速，河川巡守志工撈不勝撈，環保生態亮紅燈。
嘉義縣政府和環保署、第五河川局整治朴子溪十餘年，使得朴子溪成為嘉義縣的示範河川，嘉義縣環保局輔導成立許多河川巡守志工隊，早年嘉義縣政府還興建一艘淨川號環保船，專責清朴子溪漂充垃圾，但是淨川號已經多年因為沒有駕駛員而停擺，對於朴子溪的清理，就以第五河川局是主管機關，僅能通報配合。
布袋蓮列入世界百大外來入侵種之一，每兩星期就可繁殖倍增
朴子溪每年春夏之際，下游感潮帶會繁殖許多布袋蓮，網路上維基百科說明布袋蓮是一種原產於南美洲亞馬遜河流域屬於雨久花科布袋蓮屬的一種漂浮性水生植物；亦被稱為鳳眼蓮、浮水蓮花、水葫蘆、水浮蓮、布袋蓮、水芋仔；布袋蓮曾一度被很多國家引進，廣泛分布與世界各地，亦被列入世界百大外來入侵種之一。對於布袋蓮的硏究和防治之道論述相當多，學者專家認為布袋蓮從南美洲引進台灣後，如果不適當清理，每兩星期就可繁殖倍增，颱風季節洪水沖到出海口後，對水門和漁港影響很大，對水質環境也有不利影響，因此勢必採取有效清理方式，除了生物防治很專業外，一般的攔截撈取也是有效方式之一。 （相關報導： 南臺灣美景全蒐羅！盤點嘉、南、高、屏16處最強新秘境，再也不必去老景點人擠人啦 ｜ 更多文章 ）
嘉義縣環保局認為朴子溪是第五河川局主管，布袋蓮繁殖問題也應由第五河川局處理；但是第五河川局重視堤防硬體建設，對於朴子溪的生態環境維護較被動，朴子溪河川巡守志工經常打撈布袋蓮，但是人單力薄，趕不上布袋蓮繁殖速度，只有等待颱風洪水來，把布袋蓮往河口沖，這種靠天處理方式，對漁業環境的維護很不好。
