四七年五月，曾永賢加入中國共產黨台灣省工委會，後成第二代領導人。他朝幾個方向開展工作，包括以謝雪紅為跳板，利用日治時代農民運動的基礎，收編脫離組織的來台共產黨員，發展組織。但因中共對台灣情況不瞭解，加上國府推行「三七五減租」，使得台共組織發展失敗。
曾永賢於五二年在苗栗的山區基地，被已經叛降國民黨的中共前南方委組織部長、後成為調查局情治人員的郭華倫誘捕。
其後曾永賢在調查局接受轉化教育，並專心投入「匪情研究」工作，在新店青潭薈廬資料室工作三十七年，成為當代中共研究專家。
曾永賢回述歷史時說，研究匪情首先看走路和站位的順序，誰是第一、誰是第二，絕對不會錯亂，這項參考依據稱為「排名學」。中共領導人一旦被貶失勢，馬上就會被換下來，這方法到現在還是很管用。
三一○辦公室為操控兩岸密使管道
曾永賢相當關注中共在台灣的內應情形，要留意共產黨內部鬥爭和表裡不一的作為，以及「好話說盡，壞事做絕」的真面目。他說自己絕不是「反共八股」和「恐共病」的人，「這是長期研究中國共產黨，尤其是對其地下黨活動的深入瞭解後所得出的想法和結論。」
蔣經國逝世後，李登輝接下大位。李登輝與江澤民執政時建立兩岸密使管道，張榮豐、曾永賢扮演兩岸密使的關鍵角色。張榮豐透露：「當年他跟曾永賢在總統府共用一個辦公室，對外招牌是國統會，對內稱為『三一○辦公室』。」
據瞭解，李辦與江辦之間，蘇志誠與曾慶紅擔任特使，是指揮調度的核心樞紐；實際執行任務，則是由兩岸當局指定的小組負責，台灣由曾永賢、張榮豐主導，大陸則由中共元帥葉劍英之子、總政聯絡部長葉選寧負責。
曾永賢所負責的任務，則是與中共幕僚進行政策理念的實質溝通，包括終結動員戡亂時期、規畫新加坡辜汪會談、海基會海協會的對口機制。
先聲明「不會打到」的飛彈危機
資深記者王銘義在《波濤滾滾》書中披露，九二年秋，北京玉泉山九號樓招待所內，統籌中共對台情報的葉選寧，對密訪北京的曾永賢說：「兩岸問題在老一輩都在的時候比較好談，如果你哥哥曾永安不要那麼早過世就好了，兩岸問題，現在就你們兄弟來談了！」
外傳兩岸密使相會的玉泉山九號樓，在文革末期曾是葉劍英和華國鋒等召開會議、粉碎「四人幫」的最高司令部。但熟悉內情的張榮豐透露，當時會面地點並不是在玉泉山九號樓，而是在西山十五號樓，「當年雙方對話機鋒處處，曾永賢並沒有神情緊張，雖然沒帶相機記錄，但後來對岸有送來合影照片。」
據日本《產經新聞》刊載《李登輝秘錄》指出，曾永賢在九三年以後曾於香港、澳門、泰國、菲律賓、印尼、馬來西亞、越南等地與葉選寧或其部屬進行會面，一年大約見兩次。而雙方會談的議題，除了圍繞在國家大事，也會針對台灣參加奧運會等事務，與中共官方進行祕密協商。
