總統蔡英文就職時誓言，要在3年內完成促進轉型正義總結報告，但據估計，涉及政治事件的政治檔案仍有近半數散落在各機關，光這些檔案的審定、解降密、徵集，預估就還要2年，檔案需再經修復、整理、建立目錄、造冊、抽離密件及遮掩個資等工作，才能開放應用，蔡的3年期限承諾恐將跳票。
檔案管理局副局長陳海雄日前受訪表示，至11月7日，已徵集至檔管局的政治檔案共7443案（約414公尺），而經6月的最新一波清查，85個機關仍保有6006案（約300公尺）與228事件及戒嚴時期政治偵防相關的檔案，雖可能有零星遺漏，但「這幾波清查下來，我國全部的政治檔案大概在加總範圍內」。
據了解，這6006案仍保留於國防部等機關的政治檔案中，包括228事件被捕人犯列冊、偽台灣獨立黨228集會、美麗島事件、叛亂案、非法顛覆案、匪諜案、鹿窟事件等，其中1084案列為機密、25案為永久機密。
檔管局保存7443案 僅極少數未解密
而在已保存於檔管局的7443案中，陳海雄指出，228事件原有4000多件機密，已全部解密，美麗島事件原有2000多件機密，剩下27件仍是機密，其他政治事件的檔案原有2000多件機密，只有很少數仍未解密。
檔管局保管國家檔案，而立法院也決議，政治檔案需集中到檔管局。陳海雄指出，政治檔案全部界定是國家檔案，除了機密等級為永久保密的檔案暫時不移轉到檔管局外，檔管局希望各機關能在這2年內，完成清查、解降密的前置性整理後，將檔案移送至檔管局保存。
檔管局自《檔案法》在2001年制定後成立，從前1年籌備期起，陸續透過幾波徵集，取得7443案。如何在2年內完成6006案的徵集？陳海雄說，「我們希望盡快」，9月底已發文各機關，希望他們趕緊檢討檔案是否有解降密必要，「因為沒有（經各機關）解密的案子，進到檔管局庫房，一樣不能使用。」
欲立《政治檔案法》 學者批第1條定義就有問題
為了完善政治檔案的徵集與開放應用，民進黨立委尤美女等提出《政治檔案法》草案，政治檔案將適用此專法，而非現行的《檔案法》，草案仍在立法院審議。檔管局也正研擬官方版，11月初已邀請專家學者諮詢。
根據檔管局版的草案，政府機關應在該法施行後6個月內清查完政治檔案、編製目錄，必要時最多可延長6個月；而官方預估，檔管局版本最快在下會期才會送立法院審查。據指出，有與會者在諮詢會議中表示，依此時程，總統說要在3年內完成促進轉型正義任務總結報告的承諾「注定跳票」。
檔管局版的《政治檔案法》草案，第1條定義政治檔案，包括政府機關、私人或民間團體所保管、自1945年8月15日起至1992年11月6日止，有關228事件、動員戡亂體制或因觸犯內亂罪、外患罪、《懲治叛亂條例》或《戡亂時期檢肅匪諜條例》涉及鎮壓、調查、追訴、通緝或執行的檔案。 （相關報導： 「國民黨的檔案是民間資料」 黨史館反對政治檔案納入法律規範 ｜ 更多文章 ）
台灣史學者薛化元指出，「第3條就有商榷的必要」，如果檔案開放是為了轉型正義的需要，該條文對政治檔案的定義可能太狹隘。舉例來說，近期在模擬憲法法庭討論的杜孝生案，就因他以貪污案定罪，而不在該條文定義內，此外，台大哲學系事件、香蕉大王吳振瑞的金碗案、黑名單、以及其他並非根據前述法條被審判者，出獄後仍繼續被監視的受害者等等，也都不在草案政治檔案定義內，「這些重要案子怎麼都不適用？」
