薛化元等學者已多次呼籲，在經過審慎判斷過檔案內容之前，1992年前的檔案一定要暫時禁止銷毀，而且即使是不能開放的機密件，目錄也應完整公開，「至少目錄要給我們看」，不能像目前實際保有檔案的一些機關的作法，在有人申請閱覽後，發現是機密檔案，不僅不准閱覽，「連檔案也從目錄下架。」
陳海雄則指出，各機關銷毀其檔案的流程嚴謹，必須先讓各自的上級機關初審，再送到檔管局複審，經過重重機制才能銷毀。
至於檔管局保存的機密檔案不出現在目錄上，陳海雄指出，這是依照《機密檔案管理辦法》的規定，目錄雖沒有對外公開，檔管局內部人員仍有1份機密件的目錄，這是從各機關收下機密件的收據，外界可能有疑慮，不做目錄公布，機密件可能被銷毀，「這不用擔心，檔管局對機密件也是有列管的」，這份清單也是檔管局日後要求各機關檢討這些資料是否解降密的依據。
相較於檔管局，國史館對機密資料是否放上目錄有比較開放的做法。國史館保存的，是檔管局成立前，從各機關移轉來的檔案。
國史館審編處處長周曉雯指出，國史館館長吳密察上任後指示，目錄不用排除機密件，「能公開就公開」，檔案的事由看起來若是不會洩漏機密的，目錄上會寫明事由，再括號附註密件，若事由牽涉機密，就會以「密不錄由」代替，「放上目錄也是大家監督，可以看出機密件的數量是不是逐年減少。」
